内部控制的评价与监督是确保内部控制建设不断完善并有效实施的重要环节。行政事业单位内部控制评价与监督包括自我评价、内部监督和外部监督三个层次。
（一）内部控制自我评价
行政事业单位内部控制自我评价是指由行政事业单位自行组织的，对单位内部控制的有效性进行评价，形成评价结论，出具评价报告的过程。
1.内部控制自我评价的实施主体
单位负责人应当指定专门部门或专人负责对单位内部控制的有效性进行评价，并出具单位内部控制自我评价报告。
2.内部控制自我评价的内容
内部控制自我评价是对单位内部控制有效性发表意见，内部控制有效性包括内部控制设计的有效性和内部控制执行的有效性。
3.内部控制自我评价报告
评价报告应当对单位内部控制的有效性发表意见，指出内部控制存在的缺陷，并提出整改建议。评价报告应当提交单位负责人，单位负责人应当对评价报告所列示的内部控制缺陷及其整改建议作出回应并监督落实。
（二）内部控制的内部监督
行政事业单位内部控制的内部监督是单位对其自身内部控制的建立与实施情况进行监督检查。
1.内部监督的实施主体
内部控制的内部监督应当与内部控制的建立和实施保持相对独立。对于设立了独立内部审计部门或者专职内审岗位的单位，应当指定内审部门或者岗位作为内部监督的实施主体，同时还应发挥内部纪检监察部门在内部监督中的作用；对于没有内审部门或岗位的单位，或者内部审计部门因人手不足、力量薄弱等原因无法有效履行内部控制监督检查职能的单位，可以成立内部监督联合工作小组履行相应的职能。
2.内部监督的内容和要求
负责内部监督的部门或岗位应当定期或不定期检查单位内部管理制度和机制的建立与执行情况，以及内部控制关键岗位及人员的设置情况等，及时发现内部控制存在的问题并提出改进建议。单位应当根据本单位实际情况确定内部监督检查的方法、范围和频率，通常不能少于一年一次。
（三）内部控制的外部监督
l.财政部门的外部监督
国务院财政部门及其派出机构和县级以上地方各级人民政府财政部门应当对单位内部控制的建立和实施情况进行监督检查，有针对性地提出检查意见和建议，并督促单位进行整改。
2.审计部门的外部监督
国务院审计机关及其派出机构和县级以上地方各级人民政府审计机关对单位进行审计时，应当调查了解单位内部控制建立和实施的有效性，揭示相关内部控制的缺陷，有针对性地提出审计处理意见和建议，并督促单位进行整改。
