1.卫生危害
（1）未进行较长时间的安全性试验：基因化食品改变了我们所食用食品的自然属性， 它所使用的生物物质不是人类食品安全提供的部份， 未进行长时间的安全试验，没有人知道这类食品是安全的。
（2）产生毒素：基因化食品能产生不可预见的生物突变，会在食品中产生较高水平和新的毒素。 Losey, J. E. 等（1999） 报道， 在一种植物马利筋叶片上撒有转基因Bt玉米花粉后，普累克西普斑蝶食用叶片就少，长得慢，4天的幼虫的死亡率44%。 而对照组（饲喂不撒 Bt 玉米花粉的叶片） 无一死亡。转基因作物产生的杀虫毒素可由根部渗入周围，但尚不清楚会产生何种影响。
（3）过敏或变态反应：基因技术会在食品中产生不能预见的和未知的变态反应原。 据报告， 对巴西坚果产生过敏的主体也会对用该坚果基因工程化而得到的大豆产生过敏。 科学家把巴西胡桃的特性移植到黄豆上去， 结果却使一些对胡桃过敏的人在摄取黄豆时有过敏的可能。 植物凝血素（Lectin） 对有些害虫来说是有毒的，转基因食品不得含有此类有毒物质。
（4）减少食品的营养价值或降解食品中重要的成份：基因化的目的是去除或灭活人们认为不需要的物质， 这些物质可能是未知的， 但它是基本的。 比如它有自然的抑制癌症的能力（Pariza,M.W.，1990）。美国的研究资料表明， 在具有抗除草剂基因的大豆中， 异黄酮类激素等防癌的成份减少了。 基因化食品的虚假新鲜感迷惑消费者。 具有芳香、 有光泽的红色蕃茄能贮藏几周， 但营养价值较低。 消费者在购买水果或蔬菜时， 仅依靠外观和质地， 因此， 不能准确判定该产品的真实质量。 营养物质在环境中自然循环受到转基因微生物的干扰。
（5）产生抗菌素耐药性细菌：基因技术采用耐抗菌素（如抗卡那霉素、氨苄青霉素、 新霉素、链霉素等） 基因来标识转基因化的农作物， 这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。 这些基因通过细菌而影响我们。 英国的研究显示， 转基因作物中的突变基因可能会进入到生物有机体， 突变的基因如跨越种群和转移至细菌， 其结果可能会导致新的疾病。 虽然这种机会可能性很小，但如出现无法治疗的并广泛传播的对生命造成严重威胁的疾病时， 其后果不堪设想。 荷兰科学家发表在《新科学家》 杂志的试验结果称， 设计一人造胃，对人消化转基因食物的过程进行模拟， 发现 DNA 滞留在肠内， 同时一些转基因细菌能够把自己的抗生素抗性基因转移给人造胃的细菌。 如果类似结果发生在人和动物体内， 就可能培养出功效最强的、 抗菌素也无法杀死的超级细菌。 英国新食品和工艺顾问委员会就禁止一种用抗氨苄青霉素基因作标识的转基因改良玉米趋势饲喂牛， 因其中含有的 DNA 仍保持原样， 并有可能加速对抗菌素的抗药性。
（6）产生的问题不能进行追踪：若不进行标识，我们的公共卫生当局就无力因出现问题发现其来源，潜在性的危害值得怀疑。
（7） 副作用能杀害人体： Mayeno, A. N. 等（1994） 报告， 发生一种新的， 不明原因的病症， 主要表现为嗜酸性肌痛。 临床表现有麻痹、 神经问题、 痛性肿胀、皮肤发痒、心脏出现问题， 记忆缺乏、头痛、光敏、消瘦（Brenneman, D. E.等，1993；Love,L.A.等，1993）。后查明系日本一公司生的基因化工程细菌产生的色氨酸所致。食用者在3个月后发病，导致37人死亡，1500人体部份麻痹， 5000 多人发生偶尔性无力。 据测定， 含量为 0. 1%便可杀死人体。
2.环保的影响
（1）除草剂使用的增加：科学家估计，基因化的农作物对除草剂具有抵抗力， 实际应药量高于正常的 3 倍。 农民知道其作物对除草剂有抵抗力， 会大量使用除草剂。
（2）杀虫剂使用的增加：GE农作物常使用自己特有的杀虫剂，EPA将其分类为杀虫剂， 这就意味着比以前有更多的杀虫剂进入我们的食品和田野。 有报导， 将优良的特定的基因（如抗杀虫剂） 植入作物， 可能会使周围野生植物一并获得改良，呈现出抗杀虫剂的特征。
（3） 生态被破坏： GEO 通过食物链影响当地的生态环境， 新的微生物与有亲缘关系的生物进行有效的竞争， 引起环境发生不可见的破坏。 作为人工制造成的转基因作物， 可能成为自然界不存在的外来品种， 若干年后， 可能对地壤、野生近缘种、普通作物、相邻的植物及环境造成破坏。
（4）基因污染难以消除：基因化的生物、细菌、病毒等进入环境，保存或恢复是不可能的，它不像化学或核污染，负面危害是不可逆转的。
（5） 转基因作物通过基因流可使野生近缘种变为杂草， 成为“超级杂草” 。有资料证明， 把转基因油菜释放后， 当大田的油菜附近有近缘杂草时， 在萌发的后代种子中有93%被证实是种间杂草。
（6） 对非目标生物有伤害， 对生物多样性形成威胁： Hilbeck（1998） 用转基因Bt玉米喂饲欧洲玉米钻心虫（ECB） 并以它作为草蛉的饲料， GN 喂饲一般玉米作为对照。实验结果，转基因Bt玉米组死亡率60%以上，而对照组40%以下，认为与Bt有关的因子有关，存活的草蛉中喂Bt玉米组成熟的时间平均比对照组晚3天。 Birch, A. 等（1996/7） 的实验结果表明， 用转基因马铃薯饲喂蚜虫，雌虫的产卵量减少1/3，用喂转基因马铃薯长大的雄蚜虫与对照组蚜虫交配， 所得的未受精卵数量多 4 倍， 已受精卵在未孵化前比对照组死亡率高近3倍， 以转基因马铃薯蚜虫为食物的雌瓢虫的存活时间比对照组少一半，如果大规模的种植转基因作物，可能会减少有益昆虫的种群。实际上，我们对DNA的了解是有限的，97%的人类基因称为“废品”，因为不知道它的许多功能。 单一细胞的新陈代谢是相当复杂的， 它们的整个过程就更难了解。
