不同的制曲原料,工艺条件(主要是温度),决定大曲中主要微生物的品种和数量。通常中温大曲的上霉温度不超过40℃,热曲温度不超过50℃,其上霉微生物主要是拟内孢霉的“白色粉末”,根霉的絮状菌丝,酵母的乳白或乳黄色的蜡脂质小点;曲心微生物主要是拟内孢霉、根霉、曲霉、毛霉、犁头霉、红曲霉、酵母菌类和细菌类。以汾酒大曲为例,其主要微生物有根霉、拟内孢霉、犁头霉、毛霉、黄曲霉、黑曲霉、红曲霉、酵母菌、汉逊酵母、假丝酵母、毕赤酵母、芽裂酵母.乳酸菌、醋酸菌、产气杆菌、芽孢杆菌、假单孢杆菌、小球菌等。构成汾酒典型清香的乙酸乙酯、乳酸乙酯、琥珀酸乙酯的芳香和口味成份的主要微生物,是根霉、拟内孢霉、红曲霉、酵母菌、汉逊酵母和乳酸菌,其中汉逊酵母是产生乙酸乙酯的杰出代表。高温大曲靠堆曲升温,制曲升温可高达60℃以上。在曲块培养过程中,一些中温性的微生物不能适应这样的温度,而能适应这种温度的是耐高温的微生物。以茅台酒大曲为例,多数微生物是些黄色霉菌、高温细菌,其中主要是芽孢杆菌、乳酸菌和醋酸菌类,酵母菌.汉逊酵母极少或很难发现。茅台酒大曲中,由于培养温度由低到高,多种微生物兴衰交替,最终表现为曲霉、青霉、拟青霉、红曲霉、芽孢杆菌、乳酸菌、醋酸菌等,其中以芽孢杆菌的数量最多。
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