凡纳滨对虾4个选育群体遗传多样性的SSR分析
谢 丽1，陈国良2，叶富良1，栗志民1
【摘 要】采用9对微卫星引物分析了凡纳滨对虾4个选育群体（Molokai、OI、SIS和Kona Bay）的遗传多样性。结果表明：9对微卫星引物共检测到32个等位基因，每个位点等位基因数2～7个，平均3.555 6个，平均有效等位基因数2.472 7；各位点的观测杂合度（Ho）0.026 0～0.623 4，期望杂合度（He）0.263 1～0.785 5；各群体平均观测杂合度从小到大依次为SIS（0.383 3）＜ Kona Bay（0.405 2）＜ Molokai（0.427 8）＜ OI（0.444 4）。群体间基因分化系数(Gst)为0.153 8，各群体之间存在较大遗传分化。群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析表明， OI与Kona Bay群体亲缘关系最近，其次是Molokai与Kona Bay群体，而SIS与Molokai群体亲缘关系最远。
【期刊名称】广东海洋大学学报 【年(卷),期】2009(029)004 【总页数】5
【关键词】凡纳滨对虾；选育群体；遗传多样性；微卫星 【文献来源】
https://www.zhangqiaokeyan.com/academic-journal-cn_journal-guangdong-ocean-
university_thesis/0201248273149.html
基金项目：广东省科技厅科技创新项目2008A023700011
凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei），俗称南美白对虾，太平洋白对虾，原分布于南美太平洋沿岸水域[1] ，为世界上公认的优良养殖对虾品种之一[2]。近几年来，凡纳滨对虾出现群体遗传性状变异，优良性状丢失、品质下降、生
长缓慢[3]。为保护和充分利用优良种质，有效解决人工养殖过程中出现的病害流行、个体小型化、产量和质量下降等问题，我国每年都从美国引进良种亲虾。微卫星（microsatelite）又称简单
序列重复（simple sequence repeats，SSR），以其数量多、分布广、多态性丰富、检测快速方便、共显性遗传等优点而被广泛应用于生物学研究的各个领域[4-6]。Cruz等以微卫星标记评估凡纳滨对虾养殖群体遗传多样性[7]；陈晓汉等对凡纳滨对虾生长性状进行了微卫星DNA标记分析[8]；还有一些学者进行凡纳滨对虾不同地理种群的群落结构研究[9-12]。本研究利用微卫星标记技术，对我国南方海域引自美国的凡纳滨对虾4个选育群体进行遗传结构分析，从分子水平了解凡纳滨对虾的遗传背景和遗传多样性，以期为保护和合理利用凡纳滨对虾的种质资源、良种选育提供基础。
1 材料与方法
1.1 材料
4个凡纳滨对虾群体来源于湛江海茂水产生物科技有限公司引进的美国夏威夷海洋研究所（OI）、科拿湾海洋资源公司（Kona Bay）、摩洛凯海水养殖场（Molokai）和对虾改良系统公司（SIS）的亲虾后代，每群体随机挑选20尾活体，实验室冰箱中超低温（-80℃）保存备用。实验用TaqDNA聚合酶、dNTPs、蛋白酶K、50 bp DNA Ladder Marker均购自上海生工生物工程技术服务有限公司。 1.2 基因组DNA的提取
取自凡纳滨对虾尾节肌肉，用常规方法酚/氯仿抽提，乙醇沉淀，具体操作参照《分子克隆实验指 南》[13]，并稍加改进。基因组DNA浓度经紫外分光光度
计和琼脂糖凝胶电泳EB染色检查其浓度和纯度，用TE(pH 8.0）稀释成50 mg/L的模板DNA，-20℃备用. 1.3 引物合成及PCR扩增
9对引物来自GeneBank数据库公开的凡纳滨对虾微卫星引物序列（表1），由上海生工生物工程有限公司合成。
PCR扩增采用20 μL反应体系，包括2.0 μL 10×buffer，0.2 mmol/L dNTPs，2.0 mmol/L MgCl2，引物各0.5 μmol/L，1.0 U TaqDNA聚合酶，50 ng左右DNA模板。PCR反应条件为：94 ℃预变性4 min，接着35个循环：94 ℃变性40 s，相应的退火温度（表1）40 s，72℃复性45 s；72℃延伸5 min，最后4 ℃保存。扩增产物用15mg/mL琼脂糖凝胶电泳检测后，再在80 mg/mL的变性聚丙烯酰胺凝胶中分离，硝酸银染色、拍照。 1.4 数据统计与分析
计算了4个群体在9个微卫星位点上的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均Hardy-Weinberg平衡指数(D)，以上各参数均由群体遗传学分析软件POPGENE 3.2[14]处理，同时根据Nei的方法 [15]计算了群体间的遗传距离和遗传相似系数。使用MEGA3.0软件，采取UPGMA方法根据4个群体的遗传距离进行聚类。不同参数的主要计算方法如下：
式中Pi、Pj分别为群体中第i和第j个等位基因频率，n为等位基因数。
2 结果和分析
2.1 微卫星标记扩增结果
本研究所利用的9对微卫星引物均能在4个养 殖群体中稳定重复的扩增出相应
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