应用GINI检出微卫星不稳定型大肠癌中新的突变基因
徐晓丽;汪清;Claudine Navarro;Jessie Auclair;施达仁
【期刊名称】《复旦学报（医学版）》 【年(卷),期】2008(035)001
【摘要】目的 应用GINI筛选微卫星不稳定型大肠癌中新的突变基因.方法 采用NMD抑制药物emetine(依米丁)联合actmomycin D(放线菌素D),分别处理高度微卫星不稳定型(MSI-H)大肠癌细胞株HCT116和微卫星稳定(MSS)的大肠癌细胞株HT29,以及对照的MSS乳腺癌细胞株,以全基因组cDNA芯片检测经药物处理和不经药物处理的细胞株的mRNA表达变化.经过芯片数据分析筛选在HCT116细胞中mRNA表达量特异性升高的基因,以DNA直接测序法检测突变,并在22个大肠癌细胞株及30例原发癌组织中验证.结果 在MSI-H大肠癌细胞株HCT116中筛选出新的突变基因ARV1和ZNF294,并在8个MSI-H细胞株中验证其突变率分别为37.5%和87.5%,在20例MSI-H原发大肠癌组织中突变率均为35%.结论 基于NMD抑制的新的基因筛选方法GINI,能够相对快速、有效的检出发生突变的基因. 【总页数】5页(58-62)
【关键词】NMD抑制;大肠癌;微卫星不稳;突变
【作者】徐晓丽;汪清;Claudine Navarro;Jessie Auclair;施达仁
【作者单位】复旦大学附属肿瘤医院病理科-复旦大学,上海医学院肿瘤学系,上海,200032;Centre Leon Berard 肿瘤医院分子肿瘤学实验室,里昂,69008,法国;Centre Leon Berard 肿瘤医院分子肿瘤学实验室,里昂,69008,法国;Centre Leon Berard 肿瘤医院分子肿瘤学实验室,里昂,69008,法国;复旦大学附属肿瘤
应用GINI检出微卫星不稳定型大肠癌中新的突变基因
