第一节 分子标记的类型与原理 ?2、分子标记的类型 ?以PCR为基础的分子标记： ?随机扩增多态DNA（random amplified polymorphic DNA, RAPD） 扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP) ??
简单重复序列多态性（simple sequence repeat, SSR） 单链构型多态性（single strand conformation polymorphism, SSCP）
?
第一节 分子标记的类型与原理 ?2、分子标记的类型 ?以DNA序列为核心的分子标记： ?转录间隔区（如internal transcribed spacer, ITS）、线粒体序列（如COI、16S rDNA）测序分析技术 ?单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）
Polymerase Chain Reaction（PCR）
?
??
PCR技术的基本过程：
模板DNA的变性：模板DNA经加热至94℃，使模板DNA双链解离成为单链； 模板DNA与引物的退火（复性）：温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链依照碱基互补配对原则结合；
?
引物的延伸：DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，目标序列为模板，按碱基互补配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链。
?
重复循环变性--退火--延伸三过程。
Materials needed for PCR
???????
Target DNA (the DNA you want to copy) Free Nucleotides (A, T, C, G) Primers (DNA primers, not RNA)
Taq Polymerase (heat stable DNA Polymerase III) Mg2+ (cofactor that DNA Polymerase III needs to work) Buffer
Thermocycler (machine that changes temperatures)
琼脂糖电泳 Gel Electrophoresis
?
琼脂糖是一种天然聚合长链状分子，可以形成具有刚性的滤孔，凝胶孔径的大小决定于琼脂糖的浓度。
?
DNA分子在碱性缓冲液中带负电荷，在外加电场作用下向正极泳动。
?
DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时，有电荷效应与分子筛效应。不同DNA的分子量大小及构型不同，电泳时的泳动率就不同，从而分出不同的区带。
动物遗传育种Chapter 19 育种实践中的分子标记技术
