? 对 SNP 标记进行变异注释； ? 构建群体系统发育树；
? 群体结构分析：PCA，
structure ，亲缘关系计算等；
? 构建遗传连锁图谱并进行评估； ? 根据图谱定位与性状关联的
QTL；
? 候选基因筛选与功能分析；
? SNP 标记与代谢物或性状关联分
析；
? 候选基因筛选与功能分析；
下图分别是 GWAS 和 QTL 定位分析文章中常见的图：
GWAS 分析结果 PCA 图 和 Manhattan 图
QTL 分析定位结果及其在遗传图谱上的展示
名词解释：SNP
SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性），是指基因组中某一特定核苷酸位置上发生转换/缺失/插入等变化引起的单个核苷酸的差异，从而形成的遗传多态性。SNP 在基因座上密度非常高，分布广泛，多态性丰富，是重要的分子标记。
名词解释：遗传连锁图谱
遗传连锁图谱（genetic linkage map），是通过对染色体多态性分子标记重组交换结果进行连锁分析，得到的基因在染色体上相对位置的排列图。不同标记之间的距离，由重组率来衡量。
GWAS 与 QTL 定位的区别
GWAS 和 QTL 都是利用分子标记，对大量个体构成的群体进行分析，然后利用统计学方法进行推断，获得分子标记和性状之间的关联。但是，二者也有很多区别： 区别 GWAS
QTL 定位 样本群体 变异丰富的自然群体，但不得有生有性状分离的人工群体，例如 RIL，殖隔离的亚群； 复杂 1. 不需要构建作图群体； 2. 可以同时对多个等位基因进行分析； 3. 利用群体长期进化中的重组信息，定位分辨率更高； 1. 适合稀有基因的研究； 2. 群体可控制，目的性和结果预期性强； DH，F2，BC群体等； 简单 群体结构 优点 1. 随机交配掩盖基因座间连锁关系； 2. 群体结构导致定位结果假阳缺点 性； 3. 关联分析中需要大量的分子标记，从中找到与性状基因紧密连锁的标记，要对大群体进行一定深度的测序； 1. 需要构建作图群体，有些物种群体构建非常困难，并且耗时长； 2. 检测到的QTL 个数有限，只涉及到分离群体中双亲存在差异的位点； 3. 无法检测到复等位基因； 4. QTL 定位分辨率低，因为重组事件比较有限； 后记
无论是 GWAS 还是 QTL 定位，目的都是为了找到与性状/疾病紧密关联的候选基因，找到候选基因仅仅只是一个开始，后续还需要根据方案设计，结合其他组学手段，模型验证等来深入分析，任重而道远。
GWAS与QTL的分析内容与原理的比较
