实验一 生物信息学资源的利用—Genebank核苷酸序列的查找
一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以NCBI提供的Genebank为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。
二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL等生物信息学网络资源。
三、实验原理：根据Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。 四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。
表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表
中文名 松材线虫 黑腹果蝇 黄花石斛 古尼虫草 蝉花 蛹虫草 冬虫夏草 啤酒酵母 枯草杆菌 大肠杆菌 大豆疫霉菌 辣椒疫霉 致病疫霉 学名 基因名称 备注 Bursaphelenchus xylophilus 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Drosophila melanogaster COII COI NADH Dendrobium densiflorum 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Cordycepsgunnii 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Cordyceps sobolifera 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Cordyceps militaris 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Cordyceps sinensis 18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S Saccharomyces cerevisiae COII Bacillus subtilis 16S Escherichia coli 16S 23S Phytophthora sojae COII COI NADH ITS1-5.8S-ITS2 Phytophthora capsici ITS1-5.8S-ITS2 Phytophthora infestans ITS1-5.8S-ITS2
五、实验步骤：
1、 打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页上端Search
后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。
2、 进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。 3、 根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，点击目标
序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。
4、 点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷
贝下来。
六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。
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七、实验结果：
查找的核苷酸序列基本情况表
序号 物种名称 基因名称 Genbank号 序列长度 1 大豆疫霉菌 ITS1-18S-ITS2 AF228089 586bp
例1：
LOCUS DQ832717 42977 bp DNA circular PLN 25-APR-2007
DEFINITION Phytophthora sojae mitochondrion, complete genome. AUTHORS Martin,F.N., Bensasson,D., Tyler,B.M. and Boore,J.L.
TITLE Mitochondrial genome sequences and comparative genomics of Phytophthora ramorum and P. sojae JOURNAL Curr. Genet. 51 (5), 285-296 (2007) ORIGIN
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