基于混合核函数SVM的蛋白质相互作用预测方法

基于混合核函数SVM的蛋白质相互作用预测方法

蔡丹莉，郭红

【摘 要】摘要:针对蛋白质相互作用的预测问题，提出一种以余弦核和线性差值累加核为基核的对偶混合核函数SVM的蛋白质相互作用预测方法.该方法充分考虑了蛋白质的结构域特征，同时根据蛋白质相互作用数据应具有顺序无关的特点，将“对偶”思想引入SVM核函数中.对两个真实的蛋白质相互作用数据集Yeast PPI和Human PPI的测试结果表明，提出的方法与其它方法相比能够有效地提高蛋白质相互作用预测的准确率. 【期刊名称】福州大学学报（自然科学版） 【年(卷),期】2014(042)006 【总页数】7

【关键词】关键词:蛋白质相互作用;SVM;结构域;混合核函数

0 引言

随着后基因组时代(post-genomic era)的来临，研究者们越来越重视对蛋白质组学(proteomics)的研究，特别是蛋白质之间的相互作用(protein-protein interaction，PPI)的研究.近年来，随着检测蛋白质之间相互作用的实验技术的快速发展，人们获得了大量的蛋白质相互作用数据.但是通过实验方法检测的结果由于实验方法和原理的限制通常具有比较高的假阳性率和假阴性率，并且由于细胞中待测蛋白质对数目巨大并且对其进行逐一的验证需要花费大量的精力和时间.因此快速有效的计算方法常常被用来作为蛋白质之间相互作用预测的有益补充［1-2］.

蛋白质之间的相互作用预测问题可以看作是一个二分类问题:即给定一对蛋白质，