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第五章 酶 类--王镜岩《生物化学》第三版笔记(完美打印版)

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成多酶体系,依次催化有关的反应。构成多酶体系是代谢的需要,可以降低底物和产物的扩散限制,提高总反应的速度和效率。

有时一条肽链上有多种酶活性,称为多酶融合体。如糖原分解中的脱支酶在一条肽链上有淀粉-1,6-葡萄糖苷酶和4-α-D-葡聚糖转移酶活性;来自樟树种子的克木毒蛋白(camphorin)由一条肽链组成,有三种活性:① RNA N-糖苷酶活性,可水解大鼠28S rRNA中第4324位腺苷酸的糖苷键,释放一个腺嘌呤;② 依赖于超螺旋DNA构型的核酸内切酶活性,专一解旋并切割超螺旋环状DNA形成缺口环状和线状DNA;③ 超氧化物歧化酶活性。来自红色链孢霉的AROM多酶融合体是二聚体,每条肽链含五种酶活性,可催化莽草酸途径的第二至第六步反应,由于有中间产物的传递通道,使催化效率大为提高。

二、酶的活性中心 1.定义 酶是大分子,其分子量一般在一万以上,由数百个氨基酸组成。而酶的底物一般很小,所以,直接与底物接触并起催化作用的只是酶分子中的一小部分。有些酶的底物虽然较大,但与酶接触的也只是

祝大家07年生物考研取得好成绩 学 子 一个很小的区域。因此,人们认为,酶分子中有一个活性中心,它是酶分子的一小部分,是酶分子中与底物结合并催化反应的场所。活性中心是有酶分子中少数几个氨基酸残基构成的,它们在一级结构上可能相距很远,甚至位于不同的肽链上,由于肽链的盘曲折叠而互相接近,构成一个特定的活性结构。因此活性中心不是一个点或面,而是一个小的空间区域。 2.分类 活性中心的氨基酸按功能可分为底物结合部位和催化部位。前者负责识别特定的底物并与之结合。它们决定了酶的底物专一性。催化部位是起催化作用的,底物的敏感键在此被切断或形成新键,并生成产物。二者的分别并不是绝对的,有些基团既有底物结合功能又有催化功能。

Koshland将酶分子中的残基分为四类:接触亚基负责底物的结合与催化,辅助亚基起协助作用,结构亚基维持酶的构象,非贡献亚基的替换对活性无影响,但对酶的免疫、运输、调控与寿命等有作用。前二者构成活性中心,前三者称为酶的必须基团。活性中心以外的部分并不是无用的,它们能够维持酶的空间结构,使活性中心保持完整。在酶与底物

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结合后,整个酶分子的构象发生变化,这种扭动的张力使底物化学键容易断裂。这种变化也要依靠非活性中心的协同作用。

一般单体酶只有一个活性中心,但有些具有多种功能的多功能酶具有多个活性中心。如大肠杆菌DNA聚合酶I是一条109kd的肽链,既有聚合酶活性,又有外切酶活性。 3.形成过程 有些酶在细胞内刚刚合成或分泌时,尚不具有催化活性,这些无活性的酶的前体称为酶原。酶原通过激活才能转化为有活性的酶。酶原的激活是通过改变酶分子的共价结构来控制酶活性的一种机制,通过肽链的剪切,改变蛋白的构象,从而形成或暴露酶的活性中心,使酶原在必要时被活化成为有活性的酶,发挥其功能。 4.研究活性中心的方法 酶的底物和竞争性抑制剂的结构特点有助于研究酶的活性中心的结构。酶的最适pH及速度常数等动力学特点也可提供一些信息。

化学修饰在活性中心的研究中起过很重要的作用。因为活性中心的基团反应性常与其他基团不同,所以一些试剂可以专一性地与活性中心中的某种残

祝大家07年生物考研取得好成绩 学 子 基反应,而不与活性中心外的残基作用。如DFP(二异丙基氟磷酸)可与活性中心中的丝氨酸反应。TPCK(N-对甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲基酮)的专一性更强,只能与糜蛋白酶活性中心的His-57结合,称为亲和标记。它是底物类似物,烷化剂。TLCK(赖氨酸衍生物)作用于胰酶的His-46。某些试剂的专一性不强,可用差示标记法:先用底物类似物保护活性中心,加入修饰剂,与活性中心以外的基团反应,然后除去抑制剂,再加入放射性标记的试剂,此时试剂只能与活性中心的基团反应,测定放射性的位置,即可找到活性中心。 紫外、荧光、园二色光谱等方法也可用与活性中心的研究。在酶与底物结合时,位于底物结合部位的生色团必然会发生某种变化,从而导致其光谱的变化。这些生色团可以是酶本身带有的,也可以人工引入。这种方法可以用来判断活性中心的构成,也可以研究催化的反应过程。最直接最准确的方法是X-射线衍射。

三、同工酶

同工酶是同一生物催化同一反应的不同的酶分子。同工酶的催化作用相同,但其功能意义有所不同。不同种生物有相同功能的酶不是同工酶。同工酶具

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有相同或相似的活性中心,但其理化性质和免疫学性质不同。同工酶的细胞定位、专一性、活性及其调节可有所不同。每种同工酶都有其独特的功能意义。如乳酸脱氢酶(LDH)是由4个亚基组成的四聚体。亚基有A(M)和B(H)两种,有5种同工酶:LDH1(H4)、LDH2(MH3)、LDH3(M2H2)、LDH4(M3H)、LDH5(M4)。M、H两个亚基由不同基因编码,在不同细胞中合成速度不同,所以在不同的组织器官中5种同工酶的比例不同,经电泳分离后会得到不同的同工酶谱。人体心肌中LDH1和LDH2较多,而骨骼肌中LDH5较多。M亚基对丙酮酸的Km较高,且不受底物抑制,因而肌肉可生成大量乳酸;H亚基的Km小,并受底物抑制,随底物增加很快饱和,所以心脏生成乳酸很少,此酶主要用于乳酸的氧化。临床上通过分析病人血清LDH同工酶谱,有助于诊断病变发生的部位。如心肌损害时血清中LDH1升高;肺损害时LDH3升高。

第三节 酶的催化机制 一、酶与底物的结合

酶与底物结合的作用力主要是氢键、盐键和范德华力。盐键是带电荷基团之间的静电吸引力,疏水基团之间的作用也称为疏水键。

祝大家07年生物考研取得好成绩 学 子 酶与底物的结合是有专一性的,人们曾经用锁和钥匙来比喻酶和底物的关系。这种“锁钥学说”是不全面的。比如,酶既能与底物结合,也能与产物结合,催化其逆反应。于是又提出了“诱导契合学说”,认为当酶与底物接近时,酶蛋白受底物分子的诱导,其构象发生改变,变得有利于与底物的结合和催化。

二、酶加快反应速度的因素

酶加快反应速度主要靠降低反应的活化能,即底物分子达到活化态所需的能量。例如脲酶可使尿素水解反应的活化能由136kj/mol降到46kj/mol,使反应速度提高1014倍。酶的催化机理主要有以下几点:

1.邻近定向 对一个双分子反应,酶可以使两个底物结合在活性中心彼此靠近,并具有一定的取向。这比在溶液中随机碰撞更容易反应。对不同的反应,由分子间反应变成分子内反应后,反应速度可加快100倍到1011倍。

2.底物形变 酶与底物结合时,不仅酶的构象改变,底物的构象也会发生变化。这种变化使底物更接近于过渡态,因此可以降低活化能。

3.酸碱催化和共价催化 酶活性中心的一些残基的侧链基团可以起酸碱催化或共价催化的作用。酸碱

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催化可分为一般酸碱催化和特殊酸碱催化两种,特殊酸碱催化是指H+和OH-的催化作用;一般酸碱催化还包括其他弱酸弱碱的催化作用。酶促反应一般发生在近中性条件,H+和OH-的浓度很低,所以酶促反应主要是一般酸碱催化。酶分子中的一些可解离集团如咪唑基、羧基、氨基、巯基常起一般酸碱催化作用,其中咪唑最活泼有效。

有些酶有酸碱共催化机制及质子转移通路。四甲基葡萄糖在苯中的变旋反应如果单独用吡啶(碱)或酚(酸)来催化,速度很慢;如果二者混合催化,则速度加快,即酸碱共催化。如果把酸和碱集中在一个分子中,即合成α-羟基吡啶,它的催化速度又加快7000倍。这是因为两个催化集团集中在一个分子中有利于质子的传递。在酶-底物复合物中经常由氢键和共轭结构形成质子传递通路,从而大大提高催化效率。

共价催化可分为亲电催化和亲核催化。丝氨酸蛋白酶、含巯基的木瓜蛋白酶、以硫胺素为辅酶的丙酮酸脱羧酶都有亲核催化作用。羟基、巯基和咪唑基都有亲核催化作用。金属离子和酪氨酸羟基、-NH3+都是亲电基团。共价催化经常形成反应活性很高的共价中间物,将一步反应变成两步或多步反

祝大家07年生物考研取得好成绩 学 子 应,绕过较高的能垒,使反应快速进行。例如胰蛋白酶通过丝氨酸侧链羟基形成酰基-酶共价中间物,降低活化能。

4.微环境的作用 有些酶的活性中心是一个疏水的微环境,其介电常数较低,有利于电荷之间的作用,也有利于中间物的生成和稳定。如赖氨酸侧链氨基的pK约为9,而在乙酰乙酸脱羧酶活性中心的赖氨酸侧链pK只有6左右。

以上几点都可加速反应,但每种酶不同,可同时具有其中的几种因素。

第四节 酶促反应的动力学

酶促反应的动力学是研究酶促反应的速度以及影响速度的各种因素的科学。动力学研究既可以为酶的机理研究提供实验证据,又可以指导酶在生产中的应用,最大限度地发挥酶的催化作用。 一、米氏方程 1.米氏方程的推导

米氏学说是1913年Michaelis和Menton建立的,认为反应分为两步,先生成酶-底物复合物(中间产物),再分解形成产物,释放出游离酶。经过Briggs和Haldane的补充与发展,得到了现在的米氏方程。

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S+E=SE=P+E 对于上面的反应,首先有三点假设:第一,底物大过量,即[S]》[E]。第二,在反应初期,产物浓度极小,忽略逆反应即k-2=0;第三,稳态假设,即随着反应的进行,复合物的形成速度逐渐降低,分解加快,在某一时刻达到平衡,复合物的浓度为常数,这种状态称为“稳态”。体系达到稳态后,底物的消耗和产物的生成速度都是常数,且相等。经测定,酶加入体系后,在几毫秒之内即可达到稳态,所以我们测定的初速度通常是稳态速度。在产物积累较多之前,体系一直保持稳态,所以反应速度 v=k2[ES]。根据稳态假设,有k1[E][S]=(k-1+k2)[ES],即[ES]=k1[E][S]/(k-1+k2)。定义(k-1+k2)/k1=Km,因为[E]= [E]0-[ES],故[ES]= [E]0[S]/(Km+[S])。代入速度方程,得到v= k2[E]0[S]/(Km+[S])。因为当[ES]=[E]0时速度最大,所以Vm=k2[E]0。代入,得到下列米氏方程:

v=Vm×[S]/(Km+[S]) 2.米氏常数的意义

米氏常数的物理意义是反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度。其酶学意义在于,它是酶的特征常数,只与酶的性质有关,与酶浓度无关。不

祝大家07年生物考研取得好成绩 学 子 同的酶其Km不同,同种酶对不同底物也不同。在k2极小时1/Km可近似表示酶与底物的亲和力,1/Km越大,亲和力越大。在酶的多种底物中,Km最小的底物叫做该酶的天然底物。 3.米氏常数的测定

从酶的v-[s]图上可以得到Vm,再从1/2Vm处读出[s],即为Km。但实际上只能无限接近Vm,却无法达到。为得到准确的米氏常数,可以把米氏方程加以变形,使它相当于线性方程,通过作图得到准确的米氏常数。

双倒数作图法 将方程改写为

1/v=Km/Vm×1/[S]+1/Vm 实验时在不同的底物浓度测定初速度,以1/v对1/[S]作图,直线外推与横轴相交,横轴截踞为-1/Km,纵轴截踞为1/Vm。此法称为Lineweaver-Burk作图法,应用最广,但实验点常集中在左端,作图不易准确。 Eadie-Hofstee法 将方程改写为

v=-Km×v/[S]+Vm 以v对v/[S]作图,直线斜率为-Km。 4.其他动力学参数

Kcat/Km称为酶的专一性常数,它不受非生产性结

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第五章 酶 类--王镜岩《生物化学》第三版笔记(完美打印版)

成多酶体系,依次催化有关的反应。构成多酶体系是代谢的需要,可以降低底物和产物的扩散限制,提高总反应的速度和效率。有时一条肽链上有多种酶活性,称为多酶融合体。如糖原分解中的脱支酶在一条肽链上有淀粉-1,6-葡萄糖苷酶和4-α-D-葡聚糖转移酶活性;来自樟树种子的克木毒蛋白(camphorin)由一条肽链组成,有三种活性:①RNAN-糖苷酶活性,可水解大鼠28SrRNA中第
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