燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转
座子的频数分析
郭红媛;贾举庆;张莉;靳艳婷;侯莎莎;杨武德
【期刊名称】《中国农业大学学报》 【年(卷),期】2014(019)004
【摘要】为研究转座元件(Transposable elements,TEs)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析.结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P<0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P<0.05),约为正常条件下的(E<e-10,0.12%)2倍;Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子在根的分蘖期频率差异极显著(P<0.01).这些结果揭示了燕麦属Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的转录存在组织和发育的时空特异性及环境应答现象,为预测重复元件的表达模式提供了依据.同时,检索到的反转录转座子也有助于对燕麦基因组序列的注释. 【总页数】8页(23-30)
【关键词】燕麦属;反转录转座子;EST数据库;转座子特异性表达 【作者】郭红媛;贾举庆;张莉;靳艳婷;侯莎莎;杨武德
【作者单位】山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801 ;山西农业大学旱作工程研究所,山西太谷030801
【正文语种】中文 【中图分类】S512.6;Q81 【相关文献】
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燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的频数分析
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