燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转
座子的频数分析
郭红媛;贾举庆;张莉;靳艳婷;侯莎莎;杨武德
【期刊名称】《中国农业大学学报》 【年(卷),期】2014(019)004
【摘要】为研究转座元件(Transposable elements,TEs)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析.结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P＜0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P＜0.05),约为正常条件下的(E＜e-10,0.12％)2倍;Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子在根的分蘖期频率差异极显著(P＜0.01).这些结果揭示了燕麦属Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的转录存在组织和发育的时空特异性及环境应答现象,为预测重复元件的表达模式提供了依据.同时,检索到的反转录转座子也有助于对燕麦基因组序列的注释. 【总页数】8页(23-30)
【关键词】燕麦属;反转录转座子;EST数据库;转座子特异性表达 【作者】郭红媛;贾举庆;张莉;靳艳婷;侯莎莎;杨武德
【作者单位】山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801;山西农业大学农学院,山西太谷030801 ;山西农业大学旱作工程研究所,山西太谷030801
【正文语种】中文 【中图分类】S512.6;Q81 【相关文献】
1.裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析 [J], 郭晓芳; 贾举庆; 张晓军; 张春来; 张美俊; 冯美臣; 杨武德 2.基于古代情志相关医案脉象信息数据库的频数分析 [C], 张晶
3.石蒜Ty1-copia类反转录转座子反转录酶基因(RT)的克隆与分析 [J], 周芬静; 高燕会; 童再康
4.红鳍东方鲀BAC数据库和ESTs数据库中微卫星的筛选与应用 [J], 郝君; 孙效文; 孟雪松; 冯剑
5.利用EST-SSR通用性和EST数据库筛选三叶草EST-SSR分子标记 [J], 高雪; 王秀华; 石香雪; 李家丽; 赵岩
以上内容为文献基本信息，获取文献全文请下载
燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的频数分析
