附件 8
云南省地方病防治所
拟提名2019年云南省科学技术奖励项目
一、项目基本情况
项目名称：云南鼠疫疫源地与毗邻疫源地菌株遗传关系及相关方法应用 拟提名情况：云南省科技进步二等奖 二、项目简介
研究背景：2005年丽江玉龙县发生了5例肺鼠疫病例（2例死亡）事件， 2006证实了玉龙鼠疫疫源地的存在。前期研究表明：玉龙鼠疫菌虽与剑川野鼠鼠疫菌的分离宿主与生境相同，但生化特性不相同；玉龙鼠疫菌与西藏喜马拉雅旱獭鼠疫菌生化特性相同，但分离宿主与生境不同。因此从生态分型上，找不到玉龙菌株合适的位置。本研究旨在从分子角度阐明玉龙鼠疫菌与毗邻疫源地菌株的遗传进化关系，为该疫源地鼠疫的防控提供依据。
研究内容：对玉龙鼠疫菌株及云南近年来新分离菌株在内共235株鼠疫菌株进行研究；采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、差异片段分析（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列分析（CRISPRs）、多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）、单核苷酸多态性分析（SNP）、插入序列位点分析（IS）及多位点序列分析（MLST）等进行分子分型及溯源分析；同时结合表型及流行病学特征，一方面阐明玉龙鼠疫的性质及来源，另一方面对近年来新发鼠疫进行定性，而且对云南鼠疫的整体格局进行重认识。
研究发现：①玉龙鼠疫菌是云南一个独立的基因型，来源于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地菌株（四川巴塘），而云南鼠疫起源于玉龙鼠疫，再扩散至剑川形成剑川野鼠鼠疫，进而再传至滇西及滇南广大区域而形成云南家鼠型鼠疫；②2017年鹤庆新分离菌株属于丽江野鼠鼠疫范畴，是丽江疫源地向南扩散的结果；③1954年剑川鼠疫菌与1975年后的鼠疫菌株在分子分型上属同一类型，因此剑川野鼠疫源地的发现可向前推20年；④家鼠鼠疫主要可分为亚簇1和亚簇2，云南西部（德宏、保山、大理）菌株处于亚簇1，云南东部（红河、文山）及广西、贵州菌株主要处于亚簇2；⑤2016年景洪市的人间鼠疫分离菌株，其与普洱菌株有一定亲缘关系。
科学价值：本研究对国内外鼠疫分子分型方法进行系统的筛选分析，建立了“以DFR+CRISPRs进行分簇，再以MLVA（14+12）对每一簇进行溯源分析”的策略；系统性论述清楚丽江（玉龙）鼠疫疫源地的来源及其衍化情况，包括其内部衍化及其向外扩散情况，更
加深入地认识了该疫源性的性质与结构，完善了全球鼠疫在云南的传播路径，为该疫源源地鼠疫防控提供了科学依据；同时本研究更新了云南剑川野鼠鼠疫的发现时间，并将云南家鼠鼠疫分为了东西两块相对独立的疫源地，这些结果都加深了对云南鼠疫的认识，为制定精准防治措施奠定了基础。
评价及应用：本研究形成了论文21篇，合计影响因子为37，其中SCI文章4篇，SCI总影响因子为12.195。培养3名硕士研究生。相关研究结果在第11届国际耶尔森大会上进行了交流。依托于该项目承办了全国分子分型培训班，并邀请了俄罗斯知名鼠疫专家来我所进行了学术交流。建立的分子分型溯源方法及数据库在云南近年来几次新发疫情的定性了发挥了重要作用。
三、候选人对项目的贡献情况 项目负责人：王鹏 候选人名单：
姓名 王鹏 工作单位 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 云南省地方病防治所 学历/职称 博士/副主任技师 硕士/副主任医师 工作职责 项目总负责 实验室工作及数据分析 数据分析及总结 对项目的主要贡献 包括项目设计、争取经费、运行、人员组织及总结等。 主要完成分子分型数据库的建立及数据分析，参与项目的总结。 指导并参与分子分型方法的建立、评价，数据的整理分析，英文文章的修改。 对项目进行指导，并总负责现场工作，进行了流行病学资料的收集，现场标本的采集，数据的分析等工作。 参与现场标本的采集，鼠疫菌生化鉴定、DNA的提取，PCR实验工作等。 参与鼠疫特异诊断方法研制及鼠疫IS分析，鼠疫菌DNA的提取工作。 参与MLVA（14+12）与DFR的分子分型工作。 参与MLVA方法的筛选，并运用7个位点对云南鼠疫菌进行了初步分析。 对云南省鼠疫菌株进行了脉冲场凝胶电泳分析。 石丽媛 李伟 博士/研究员 宋志忠 博士/主任医师 项目指导及现场工作 郭英 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 大专/副主任医师 学士/主管技师 硕士/讲师 硕士/主管医师 硕士/医师 标本采集及实验室工作 董珊珊 实验室工作 朱俊洁 实验室工作 张蓉 实验室工作 叶蕊 实验室工作 杨光璨 钟佑宏 谭红丽 丁奕博 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 云南省地方病防治所 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 学士/主管医师 硕士/主管医师 硕士/医师 硕士/医师 硕士/副研究员 实验室工作 实验室工作 实验室工作 实验室工作 对云南省鼠疫菌株进行了CRISPR分子分型。 参与鼠疫菌保种及DNA提取工作。 参与鼠疫现场实验室工作。 参与鼠疫强毒室相关工作。 指导鼠疫菌脉冲场凝胶电泳的分析工作。 崔志刚 数据分析 四、获得知识产权情况 授权相关发明专利 授权相关实用新型专利 待授权相关发明专利 发表的相关论文
1． Peng Wang, Liyuan Shi, Fuxin Zhang, Ying Guo, Zhikai Zhang, Hongli Tan, Zhigang Cui, Yibo Ding, Ying Liang, Yun Liang, Dongzheng Yu, Jianguo Xu, Wei Li*, Zhizhong Song*. Ten years of surveillance of the Yulong plague focus in China and the molecular typing and source tracing of the isolates, PLoS Negl Trop Dis, 2018,12(3): e0006352.（SCI 4.367）
2． Liyuan Shi, Guirong Yang, Zhikai Zhang, Lianxu Xia, Ying Liang, Hongli Tan, Jinrong He, Jianguo Xu, Zhizhong Song, Wei Li*，Peng Wang*. Reemergence of human plague in Yunnan, China in 2016，PLoS ONE, 2018,13(6): e0198067.（SCI 2.766）
3． 石丽媛，丁奕博，谭红丽，郭英，张海鹏，段存娟，李伟，王鹏. 云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源, 中华流行病学杂志, 2018，39（7）：117-121 4． 张艳, 郭英, 董珊珊, 揭云翠, 钟佑宏, 李伟, 宋志忠, 王鹏. caf1 基因为靶标的鼠疫检测 PCR 法的改进, 中华地方病学杂志, 2018，37（3）：203-206 5． Peng Wang, Wei Li, Zhikai Zhang, Ying Guo, Liyuan Shi, Rui Ye, Zhigang Cui, Guangcan Yang,Shanshan Dong, Zhizhong Song. Characters of Yulong Yersinia
云南地方病防治所拟提名2019年云南科学技术奖励项目
