Materials Studio 培训教
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Materials Studio 快速入门教程 ??????????????? 2 Visualizer 模块快速入门教程 ??????????????? 11 用第一性原理预测AlAs 的晶格参数 ???????????? 36 CO 分子在Pd(110)表面的吸附??????????????? 43 Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化???????????? 55 模拟CO_Pd(110)体系的STM 图 ?????????????? 61 使用DMol3 中的离域内坐标对固体进行几何优化 ?????? 64 用LST/QST 搜索过渡态 ????????????????? 69 气体在聚合体中扩散的测量 ??????????????? 76 聚合物与金属氧化物表面的相互作用???????????? 86 计算共存相之间的界面张力???????????????? 96 运行简单的MesoDyn 模拟 ???????????????? 99 使用粉末衍射图进行分析 ???????????????? 108 指标化粉末衍射图 ??????????????????? 117 无机物的Rietveld 精修 ????????????????? 125
使用Reflex Plus 来解析3-氯-反-苯乙烯酸的结构??????? 133 无机化合物FIN31 的结构确定 ?????????????? 142
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Materials Studio 快速入门教程
该教程将介绍Materials Studio 软件的基本功能，在这一部分，你将学到： 1.生成Projects
2.打开并且观察3D 文档 3.绘制苯甲酰胺分子 4.观察并且处理研究表格文档 5.处理分子晶体：尿素 6.建造Alpha 石英晶体 7.建造多甲基异丁烯酸盐 8.保存Project 并结束
1. 生成Projects
(1).运行Material Visualizer
从运行菜单中运行或者在桌面点击快捷方式。 (2).生成Project
生成名称为My Quickstart 的Project。
2.打开并且观察3D 文档
(1).调整显示风格
在3D 结构上单击右键，并选择Display Style。
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右键菜单
Display Style 对话框中的各选项的意义如下： Atom 栏： Display Style:
Line：线状模型。 Stick：棍状模型。
Ball and stick：球棍模型。 CPK：球堆砌模型。
Polyhedron：多面体堆积模型（晶体）。
Lattice 栏:
Display:显示单个晶胞或者元胞。
Range：显示在X、Y、Z 方向上晶胞的数量。 Lattice:显示晶胞边界的风格。
在3D 结构上单击右键并选择Lighting 选项，该选项将指定加光情况：在此选项卡内可 以设定三个光源，并改变光源的照射位置（照射位置用箭头显示）。
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(2).改变3D 结构的视图
可以使用3D Viewer 工具栏上的工具来改变3D 视图。 通过选择相应的工具并在3D 结构上拖动来改变结构视图。 Rotate:旋转结构视图。
Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图；向下或者向左侧拖动会缩小所 选结构的视图。
Translation:将结构沿着不同的方向平移。
对于三键鼠标来说，左键执行所选操作，中键始终是平移操作，而右键则是旋转操作， 同时按下左健和右键则会完成缩放操作。此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作。 以下操作将改变3D 结构的位置：
Fit to View:根据窗口的尺寸，为3D 结构选择合适的大小。 Recenter:将结构放置到窗口的中心，结构大小不变。
Reset View:将结构放置到窗口中原来的位置，并恢复原有大小。 (3).选择对象的各种类型
在3D View 工具栏上选择3D Viewer Selection Mode ，并通过单击原子、键来选择相 应的对象。
该对象变为黄色表示已经被选中。
通过鼠标的托拽操作可以选择一定区域内的所有对象，包括原子和键。 在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构。
3.绘制苯甲酰胺分子
化学家不得不每天处理大范围的小分子和中间体。快速生成该类分子对于每一个分子建 模环境都是非常重要的。苯甲酰胺分子就是这样一种小分子，在下边我们将以该分子作为例 子，进行研究工作。
下面是要建造的苯甲酰胺结构：
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