生物化学
第一章 蛋白质化学
第一节 蛋白质的重要性
? 蛋白质是机体最丰富的有机分子，占人体重量的16~20%，占干重的45%，肺组织高达
80%。
? 蛋白质的生物学功能：生物催化作用、调节作用（激素，基因表达调控作用）、免疫防
御与保护作用（细胞因子、补体、抗体）、转运和储存作用（转运蛋白）、结构功能（保护和维持细胞、组织、器官的正常生理形态，细胞骨架）、运动与支撑作用、信息接收传递作用（受体蛋白）、生物膜功能
? 蛋白质组学：蛋白质组指的是基因组编码的全部蛋白质，即包括一种细胞乃至一种生物
所表达的全部蛋白质；蛋白质组学本质上指的是在机体整体水平上系统地研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平、翻译后的修饰、蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生、细胞代谢等过程的整体而全面的认识。 第二节 蛋白质的化学组成
? 蛋白质含氮量平均为16%，蛋白质的含量=含氮量x6.25。
? 天然存在的氨基酸约180种，组成蛋白质的氨基酸只有20余种（基本氨基酸）。 ? 基本氨基酸的共同特点：①除脯氨酸为α-亚氨基酸外，其他组成蛋白质的基本氨基酸
均为α-氨基酸；②除甘氨酸外，其他氨基酸的α-碳原子为手性碳原子，且天然蛋白质中基本氨基酸皆为L-型；③不同的氨基酸的R链不同，对蛋白质的空间结构和理化性质有重要影响。
? 20种常见氨基酸的名称和结构式（见书P11）
? 氨基酸的分类 非极性R基氨基酸：丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、甲硫氨酸、
苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸；极性不带电R基氨基酸（易溶于水）：甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺；带负电的R基氨基酸：天冬氨酸、谷氨酸；带正电的R基氨基酸：赖氨酸、组氨酸、精氨酸。
? 氨基酸的物理性质：①高熔点，200℃以上，以离子状态存在；②一般均溶于水，溶于
强酸、强碱；不溶于乙醚、氯仿等有机溶剂；③氨基酸一般有味；④除甘氨酸外均有旋光性。
? 氨基酸的化学性质：①两性解离与等电点：pH高于等电点带负电，低于等电点带正电。
等电点时主要以两性离子存在，极少量以中性分子存在。中性氨基酸的pI在微酸性范围，践行氨基酸的pI在碱性范围，酸性氨基酸的pI在酸性范围。②紫外吸收性质：色氨酸（280nm）、酪氨酸（275nm）和苯丙氨酸（257nm）含有苯环共轭双键系统，具有紫外吸收特性。③茚三酮反应：与大多数α-氨基酸加热反应产生蓝紫色物质，与脯氨酸、羟脯氨酸反应呈黄色，与天冬酰胺反应呈棕色；④α-羧基的反应：与碱、醇、硼氢化锂反应；⑤R基的反应：Million反应（Tyr-红色）、Folin反应（Tyr-蓝色）、坂口反应（Arg-红色）、Pauly反应（His、Tyr-橘红色）、乙醛酸的反应（Trp-紫红色环）。
? 氨基酸的功能：①寡肽、多肽、蛋白质的基本结构单位；②多种生物活性物质的前体；
③作为神经递质或神经营养素；④参与生物体内的物质代谢和能量代谢。 第三节 蛋白质的分子结构
? 蛋白质的一级结构包括：①组成蛋白质的多肽链的数目；②多肽链的氨基酸顺序；③多
肽链内或链间二硫键的数目和位置。
? 体内多肽和蛋白质生物合成时，均是从氨基端开始，延长到羧基端终止，因此N末端
被定为多肽链的头。
? 蛋白质一级结构的概念：蛋白质是由不同种类、数量和排列顺序的氨基酸，通过肽键而
构成的高分子有机含氮化合物。它是蛋白质作用的特异性、空间结构的差异性和生物学功能多样性的基础。
? 活性多肽：谷胱甘肽GSH（还原剂、与毒性药物结合、维持红细胞膜结构的稳定、使巯
基酶的活性基团维持还原状态）、降钙素基因相关肽（舒血管作用，参与心血管系统调节）、肽类激素、多肽类抗生素。
? 蛋白质的水解反应：①酸水解: 6M盐酸或4M硫酸，回流20小时，完全水解；得到L-氨基酸，不引起消旋，色氨酸被破坏，酰胺被水解。②碱水解: 5M氢氧化钠，回流10-20小时，完全水解；得到等摩尔D-氨基酸L-氨基酸，引起消旋；色氨酸稳定。③酶水解: 不引起消旋，不破坏氨酸酸，但一种酶水解不彻底，需要几种酶协同作用。
? 蛋白质一级结构测定的原理及方法：
1) 氨基酸的组成分析：蛋白质样品的纯化→多肽链数目的测定→氨基酸组成的分析。 2) N端氨基酸的分析：①二硝基氟苯法（DNFB）：N末端氨基与DNFB反应，生成DNP
多肽衍生物；用酸水解，所有肽键被水解生成相应氨基酸和DNP-末端氨基酸。②二甲氨基萘磺酰氯法（DNS-Cl）：DNS-氨基酸有强烈荧光，灵敏度高。DNFB法和DNS法的不足之处是不能在同一个肽链上重复应用。③Edman降解法（PITC、PTH-氨基酸）：可标记并仅水解释放多肽链的N末端氨基酸残基，留下其他氨基酸残基的完整肽链。④氨肽酶法：肽链外切酶，从N端开始逐个切掉氨基酸。
3) C末端氨基酸的分析：①肼解法：多肽与无水肼加热发生肼解，C末端氨基酸以自由形
式释出；②羧肽酶法：特异地从C末端依次将氨基酸水解下来，有A、B、C、Y四种。 4) 二硫键的确定：快原子轰击、等离子体解吸、电喷雾典礼等软电离质谱技术。 5) 大分子多肽氨基酸顺序的测定：先将大分子多肽裂解为小的肽片，经分离纯化后，分
别测定各肽片的顺序。此法适用于无二硫键的单链多肽组成的蛋白质。 6) 核酸推导法。
? 蛋白质的构象：蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及其走向称为蛋白
质的构象，又称蛋白质的空间结构、立体结构、高级结构和三维结构等。
? 维持构象的化学键（次级键）：氢键、疏水键、盐键、配位键、二硫键、范德华力。 ? 蛋白质的二级结构：是指多肽链的主链骨架中若干肽单位，各自沿一定的轴盘旋或折叠，
并以氢键为主要的次级键而形成有规则的重复构象。蛋白质的二级结构仅限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区段的相互关系及侧链构象。
? 肽单位：肽键与相邻两个α碳原子所组成的基团，称为肽单位或肽平面。肽单位具有以
下特性：①肽键中的C-N键具有部分双键的性质，不能自由旋转；②肽单位上六个原子处于同一平面；③肽单位中与C-N相连的氢和氧原子与两个α碳原子呈反向分布。多肽链的盘旋或折叠是由肽链中许多α-碳原子的旋转所决定的。
? α螺旋：是蛋白质中最常见、最典型、含量最丰富的二级结构。（详见书P28-29） ? β折叠：又称β片层结构。（详见书P29-30）
? β转角：又称β弯曲，是球状蛋白形成的主要原因。（详见书P30）
? 无规卷曲：也称无规线团。不能被归入明确二级结构的多肽区段，既不是卷曲，也不是
完全没有规律，有着明确而稳定的结构。
? 超二级结构（基序、模体或模序）：是指多肽链内顺序上相邻的二级结构常常在空间折
叠中靠近，彼此相互作用，形成规则的、在空间上能辨认的二级结构聚集体。 ? 结构域：空间结构上相近的几个超二级结构单元进一步折叠盘曲而形成的一个或多个相
对独立的致密的三维实体。结构域是三级结构的一部分，结构域之间靠无规则卷曲连接。结构域是球状蛋白质的独立结构单元。
? 蛋白质的三级结构：整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，包含了一条多肽链的
主链构象和侧链构象。具有二级结构、超二级结构或结构域的一条多肽链，由其序列上相隔较远而空间上相近的氨基酸残基侧链的相互作用，进行范围更广泛的盘曲折叠而形成包括主、侧链在内的空间整体排布，称为三级结构。
? 蛋白质的四级结构：由两个或两个以上的亚基之间相互作用，彼此以非共价键相连而形
成构象更为复杂的聚集体结构，成为蛋白质的四级结构。在具有四级结构的蛋白质中，每一条具有三级结构的肽链均被称为亚基或亚单位，由2~10个亚基组成的具有四级结构的蛋白质称为寡聚体蛋白。对称性是具有四级结构蛋白质的重要性质之一。维持蛋白质四级结构的主要化学键是疏水键，位于亚基表面的疏水基侧链为了避开水相而相互作用形成疏水键进而导致亚基的聚合。
? 蛋白质和多肽的化学合成法：①氨基酸侧链活性基团的保护，常用保护剂是苄氧羰酰氯
（Cbz-Cl）和叔丁羰酰氯（BOC-Cl）；②多肽的液相/固相合成。
? 采用生物技术合成蛋白质：基因工程、细胞工程、酶工程 第四节 蛋白质的结构与功能
? 蛋白质一级结构和功能的关系：①一级结构不同，其生物学功能各异。（加压素和缩宫
素）基因突变可导致蛋白质一级结构的变化，使蛋白质的生物学功能降低或丧失，甚至可引起生理功能的改变而发生疾病。这种由遗传突变引起的、在分子水平上仅存在微观差异而导致的疾病，称为分子病。②一级结构相似的蛋白质，其基本构象及功能也相似。
③一级结构中关键序列变化，其生物活性或功能发生改变。
? 蛋白质空间构象和功能的关系：①蛋白质前体的活化。生物体中有许多蛋白质是以无活
性的蛋白质原的形式在体内合成、储存和分泌的，在机体应急或细胞需要时，这些蛋白质原中某条或某些肽链方才以特定的方式断裂，生成有活性的蛋白，进而发挥他们所特有的生物学功能。分泌性蛋白质除含有特征性的信号肽或导肽序列外，几乎所有蛋白质都有其前体，即原蛋白，含有信号肽或导肽或插入肽，这些需切除的肽段是在蛋白质生物合成中生成转运以及形成独特生理活性所需的空间结构所必需的。但一旦其相应的功能完成，肽段便被切除。（胰岛素）②蛋白质的变构现象。受别构剂或配基等因素的影响，其一级结构不变而空间结构发生一定的变化，进而导致其生物学功能的改变，称为蛋白质的变构效应。组成蛋白质的各个亚基共同控制着蛋白质分子的生物活性，并对别构剂或配基等信息信号物做出反应，信号物与一个亚基的结合可传递到整个蛋白质分子，这个传递是通过亚基构象的改变而实现的。（血红蛋白）
? 蛋白质空间构象改变可引起疾病：一些蛋白质尽管其一级结构不变，但折叠发生错误，
使其构象发生改变，进而影响到其正常功能，严重时可导致疾病的发生。因蛋白质折叠错误或折叠导致构象异常变化而引起的疾病，成为蛋白质构象病。（朊病毒） 第五节 蛋白质的性质
? 蛋白质的两性解离与等电点：体内多数蛋白质的酸碱氨基酸比例相近，其等电点大多为
中性偏酸，约在5.0左右。所以在生理条件下（pH约为7.4），它们大都以负离子形式存在。
? 蛋白质的变性：天然蛋白质分子受环境因素的影响，从有规则的紧密结构变为无规则的
松散状态，即变性作用。构象的破坏是蛋白质变性的结构基础。在某些物理/化学因素的作用下，蛋白质分子的空间构象发生改变或破坏，进而导致其理化性质发生改变和生物活性降低或丧失，这种现象称为蛋白质的变性作用。蛋白质变性作用的本质是破坏了形成与稳定蛋白质分子空间构象的各种次级键从而导致其空间构象的改变或破坏，并不涉及一级结构的改变和肽键的断裂。变性作用有以下特征：生物活性丧失和理化性质改变（溶解度降低、黏度增加、结晶能力消失、易被蛋白酶水解）。分可逆变性和不可逆变性。
? 蛋白质的胶体性质：蛋白质分子直径在2~20nm，在溶液中易形成大小介于1~100nm的
质点。蛋白质表面易于发生水合作用形成水化层，使蛋白质颗粒不致聚集而沉淀。蛋白质表面具有同性电荷，与周围的反离子构成双电层。
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