5、 前人研究过的禽类RNA病毒
我们在参与寻找IAV、1型禽腮腺炎病毒和冠状病毒的项目时不仅找到了这些病毒，还发现IAV和γ冠状病毒同时存在于3个文库中。另外，我们还找到来自灰鸭和粉耳鸭的2个IAV亚型，即H9N1和H3N1，这类组合的病毒在大型水禽监控计划中很罕见。
6、 鸟类病毒的宿主特异性和关联性
鸟类病毒的丰度存在差异。红颈滨鹬和尖尾滨鹬的病毒reads最多（0.08%），同一个目的麻鹬鹬的病毒reads最少（0.00018%）。红颈滨鹬的病毒丰度比其他雁形目高很多，而太平洋黑鸭和澳大利亚木鸭的病毒α-多样性却非常低（图7）。这说明鸟类物种和个体差异会影响病毒群落的结构。
禽类的病毒组成（属和种水平）有本质不同（图7）。轮状病毒属的3种病毒丰度较高，几乎在每个文库中均有（图7a）。红颈滨鹬中还存在大量的星状病毒和禽腮腺炎病毒，而δ冠状病毒只出现在尖尾滨鹬中，且丰度高达0.073%（图7a）。雁形目流行多种相同病毒（图7a）。在病毒丰度（科水平）上，雁形目和鸻形目无显著差异。β多样性分析显示病毒的聚类结果和宿主系统发育趋势不一致（图7b），由此可知宿主并不是塑造病毒群落结构的主要因素。
该研究并没有发现雁形目和鸻形目存在相同的病毒种（图3）。而在雁形目的灰水鸭、粉耳鸭、澳大利亚麻鸭中，流行于这些宿主的3种病毒（IAV、γ-冠状病毒、类鸭G型轮状病毒）reads分别占总病毒reads的80%、82%、17%。灰水鸭与太平洋黑鸭进化最接近但没有相同的病毒种，说明宿主对病毒群落的影响有限，而灰水鸭却与最远源的粉耳鸭有2种相同的病毒（图3），这可能是禽类在迁徙时感染病毒的结果。系统发育分析也没有发现病毒种间存在明显的宿主-分类学梯度关系。
图7 鸟类病毒宿主特异性及分类结构. A：病毒属在宿主中的丰度；B：共进化分析说明宿主进化和病毒组
成之间无相关性
四、小结与亮点
该团队运用宏转录组技术，聚焦于寻找并鉴定水禽和岸禽病毒群落，不仅挖掘到27种具有完整基因组结构或完整RdRp基因结构的病毒，其中的24种更是首次发现，为禽类病毒数据库增添了新成员。
水禽和岸禽共有病毒的缺乏说明病毒的特异性，当然，轮状病毒的3个属、水禽中的流感A病毒等有多种宿主，证明病毒同样能在多宿主中传播。总之，该研究深入了解病毒群落特点,
证明禽类病毒群落的多样性和复杂性，为以后进一步探索禽类病毒、监控野生禽类病毒情况提供了参考。
基于宏转录技术的水禽和岸禽的宿主特异性和关联性研究 - 图文
