2) 双击淋巴细胞群，打开图形窗口，X轴选择PhyEry::aCD8，Y轴选择Histogram ，选择区域门工具，界定出PE阳性和PE阴性细胞群，如下图所示：
备注：
a. 在设门的时候，选择区域门工具，阴性门和阳性门尽量设在细胞群分布的中心区域
b. 如果单染管的直方图没有明显的双峰，在设门的时候，阴性门和阳性门之间的距离应尽可能远一些
3) 将工作台样本空间的“PE-”节点拖到补偿编辑器里PE单染管的阴性孔，“PE+”节点拖到阳性孔里
23\t\r ?
FlowJo中文实用手册 杭州艾米绿生物科技有限公司 support@flowjochina.com 400-680-5527
3. 当所有单染管的数据都被添加到补偿编辑器后，FlowJo自动计算出补偿矩阵。
在工作台组空间中选择3-color comp组，然后到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿 > 添加到组”，对该组的所有样本进行荧光补偿。
三、双指数转换
补偿过的数据，由于减去了荧光溢漏值，会产生“0”和“负值”。如果使用Log轴（只能显示正值），“0”和“负值”会被压在坐标轴上。这时，我们需要采用“Logical”参数轴来显示。在FlowJo中，可以通过双指数转换功能实现。继续使用上一步骤产生的工作台，操作步骤如下（演示数据为3-color comp组中的3-COLOR.FCS）：
1. 在3-COLOR数据中设淋巴细胞门，双击淋巴细胞门，在打开的图形窗口中X轴选择CD3，Y轴选择CD8，会发现有细胞压在坐标轴上，如下图所示：图中gate1的范围很小，但却显示里面的细胞比例达到了35.1%，表明有很多细胞压在坐标轴上。
24\t\r ?
FlowJo中文实用手册 杭州艾米绿生物科技有限公司 support@flowjochina.com 400-680-5527
2. 在X轴和Y轴点击坐标轴边上的T按钮指数转换”，如下图所示：
，在弹出的下拉列表中选择“用双
3. 如果启用双指数转换之后，发现还有细胞压在坐标轴上，点击T按钮，选择“Change transform values”，打开设置转化值对话框。通过将“附加负十位”的值变大，或者将“宽度基底”的值变小，能将压在坐标轴上的细胞显示出来。
25\t\r ?
FlowJo中文实用手册 杭州艾米绿生物科技有限公司 support@flowjochina.com 400-680-5527
比如上面的例子中，将X轴的“宽度基底”值从“-10”调为“-30”，使压轴的细胞完全显示出来，如下图所示：
备注：
a. 双指数转换只是更改了数据呈现的方式，不会对数据本身做任何更改。 b. 任何FCS3.0数据都可以在FlowJo上做双指数转换，如果是FCS2.0的数据的话，如果不在机器上进行补偿操作，而是在FlowJo里补偿的话，也可以进行双指数转换。
26\t\r ?
FlowJo中文实用手册 杭州艾米绿生物科技有限公司 support@flowjochina.com 400-680-5527
第五章 FlowJo的批处理功能
演示数据：Titration Data，一个抗体滴定实验的数据，CD8单染。Sample 1为对照组，Sample 2 ~ Sample 8所加的抗体浓度按照2倍的梯度递减。
一、设门分析的批处理
1. 设门
在工作台中 双击阴性对照的数据Sample 1，用自动门工具设淋巴细胞门，
27\t\r ?
FlowJo中文实用手册 杭州艾米绿生物科技有限公司 support@flowjochina.com 400-680-5527
FlowJo 中文实用手册
