各种酶切位点的保护碱基
酶不同，所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。一般情况下，在酶切位点以外多出 碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
3个
在资料上查不到的，我们一般都随便加 3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切
（Cleavage Close to the End of DNA Fragments
（oligonucleotides）
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，
NEB采用了一系列含识别序列的
短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头 上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近 常需在识别位点两端至少加上
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DNA末端时也很有用。在本表中没有列出的酶，则通
6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
0.1A 260单位的寡核苷酸。取1 Q
实验方法：用Y[P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记
已标记了的寡核苷酸与 20单位的内切酶，在 20° C条件下分别反应2小时和20小时。反应缓冲液 含 70 mM Tris-HCI （pH 7.6）, 10 mM MgCI 2 , 5 mM DTT 及适量的 NaCl 或 KCI （视酶的具体要求而 定）。20%的PAGE （ 7 M尿素）凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。若底物有较长的回文结构，切割效率则可能因为出现 发夹结构而降低。
切割率% 1酶 寡核苷酸序列 链长 2 hr 20 hr Acc I G GTCGAC C CG GTCGAC CG CCG GTCGAC CGG 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 50 >90 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 Afl III CACATGT G CCACATGT GG CCC ACATGT GGG GGCGCGCC AGGCGCGCC T TTGGCGCGCC AA Asc I n Ava I CCCCGGG G CC CCCGGG GG
TCC CCCGGG GGA 12 >90 >90 BamH I CGGATCC G CG GGATCC CG CGC GGATCC GCG 8 10 12 8 10 12 8 10 12 9 22 24 27 8 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 8 14 10 >90 >90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 >90 50 >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 0 10 0 >90 >90 0 25 0 50 25 >90 >90 0 >90 >90 0 0 >90 10 0 50 >90 0 0 >90 50 >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 0 75 0 >90 >90 0 50 0 75 、Bgl II CAGATCT G GAAGATCT TC GGA AGATCT TCC - BssH II GGCGCGC C AG GCGCGC CT TTG GCGCGC CAA BstE II BstX I G GGT(A/T)ACC C AACTGCAGAA CCAATGCATTGG AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT Cla I CATCGAT G GATCGAT C CC ATCGAT GG CCC ATCGAT GGG j -- EcoR I G GAATTC C CG GAATTC CG CCG GAATTC CGG - Hae III GG GGCC CC AGC GGCC GCT TTGC GGCC GCAA Hi nd III CAAGCTT G CC AAGCTT GG CCC AAGCTT GGG Kpn I GGGTACC C GG GGTACC CC CGG GGTACC CCG Mlu I GACGCGT C CGACGCGT CG Nco I CCCATGG G CATG CCATGG CATG
各种酶切位点的保护碱基
