蛋白质序列分析与结构预测
一：实验目的
1. 能够熟练使用ProtParam、PSORT、TMHMM进行蛋白质理化性质分析。 2. 学会使用JPred服务器进行蛋白质二级结构预测。
3. 学会使用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质三级结构预测，并会使用rasmol
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4. 学会使用PROSITE数据库进行结构域识别与功能位点分析
二 实验内容及操作步骤 一、蛋白质基本性质分析
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蛋白质理化性质分析：
1.1进入http://www.expasy.org/proteomics
1.2选择protein_characterisation_and_function→ProtParam程序 1.3进入http://www.uniprot.org/ 的UniProtKB 1.4 下载蛋白序列(如amine),并存为FASTA格式
1.5在对话框中输入蛋白质序列（注意：不是FASTA格式，而是原始序列） 1.6点击Computer parameters进行分析 1.7 记录并分析结果
2 蛋白质亚细胞定位：
2.1 进入PSORT预测主页: http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/form2.html 2.2 下载蛋白序列(如5-hydroxytryptamine 1A receptor),并存为FASTA格式 2.3 将蛋白序列粘入对话框(注意,序列为原始序列) 2.4 点击submit Job分析
2.5 记录并分析结果(看查询的蛋白主要表达在细胞的什么位置) 3. 跨膜区预测:
3.1 进入http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
3.2 提交蛋白序列(FASTA格式,可以一次提交多个蛋白) 3.3 点击submit分析
3.4 查看结果看查询的蛋白是几次跨膜，分别在序列的什么位置
二、蛋白质二级结构预测
1. 使用JPred服务器进行预测
1.1 进入JPred http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/
1.2 点击Prediction(Submit a protein sequence for secondary structure prediction) 1.3 选择Email结果提交方式(建议)或留空为网页结果显示 1.4 输入蛋白质序列(原始序列)
1.5 选择File format的三个参数，这三个参数分别为：原始序列格式，多重序
列比对格式，BLC格式，本实验只选Raw protein sequence，其余参数同学们自行练习。
1.6 注意如下第4选项(Finally, if you have submitted a single sequence, a BLAST
search of the PDB database will automatically be carried out to find any homologues. If you don't want this to happen select this box)如果选中的话，程序会直接搜索PDB数据库，从而找到同源性较高的结构数据，直接获取可能的三级结构，如果不选中的话，则预测二级结构，并将结果地址发到你的邮箱中。 1.6 点击Run提交
1.7 在邮箱中找到结果地址，并在弹出的结果显示界面选择第3项(Your results in
HTML can be found here. )、第4项(A simple display of your query sequence and the prediction can be found here.)进行简单结果浏览、第5项(Postscript output can be found here.) 进行图形化输出(结果保存为PS文件，可直接打印成PDF文件)
1.8 记录并分析结果，其中E表示折叠，H表示螺旋。
三、蛋白质三级结构预测
1. 进入SWISS-MODEL( http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html )三级结构预测服务器
2．选择Automatic Modelling Mode→填写Email地址（Alignment Interface和Project (optimise) mode学生自行练习）
3．查看邮件，其中SwissModel_TraceLog这封信的内容是从蛋白质序列提交到预测出蛋白质结构的详细过程；带有附件的信件(扩展名为PDB的文件是通过网站预测蛋白质三级结构得到的结果)，下载附件。 4.打开结果。
五、作业
1. 找一条蛋白序列，分析其蛋白质基本性质。 2. 找一条蛋白序列，预测其蛋白质二、三级结构.
实验：蛋白质序列分析与结构预测
