420 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
421 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) （柯南得知BOSS邮箱地址是日本童谣《七个孩子》）428 诡异宅院大冒险（封印篇） （柯南推理出BOSS的邮箱号码，但灰原阻止柯南去调查这个号，并称之为“潘多拉之盒”）
429 诡异宅院大冒险（机关篇）
430 诡异宅院大冒险（解决篇）
434 满腹疑惑的小兰
435 珠宝强盗现行犯 上集
436 珠宝强盗现行犯 下集
459 黑色冲击! 组织之手逼近的瞬间 五之一（水无怜奈、基安蒂、科恩出场，GIN开始怀疑毛利小五郎，赤井秀一称呼GIN为宿敌，水无怜奈出车祸后被FBI抓获）
460 黑色冲击! 组织之手逼近的瞬间 五之二
461 黑色冲击! 组织之手逼近的瞬间 五之三
462 黑色冲击! 组织之手逼近的瞬间 五之四
463 黑色冲击! 组织之手逼近的瞬间 五之五
465 超机密的上学路 上集
466 超机密的上学路 下集
467 无法回头的两人(前篇) （本堂瑛佑出场，长得和水无怜奈很像）
468 无法回头的两人(后篇)
502 黑暗组织之影 小小的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
503 黑暗组织之影 奇妙的照明
504 黑暗组织之影 神秘高额报酬
505 黑暗组织之影 珍珠流星
509 怪盗基德与四幅名画 上集
510 怪盗基德与四幅名花 下集（怪盗基德出场）
527 黑色相片的下落 上集
528 黑色相片的下落 下集
538 红与黑的碰撞 开端（此系列讲：GIN用计将水无怜奈从赤井秀一手中夺回）
539 红与黑的碰撞 血缘
540 红与黑的碰撞 绝叫
541 红与黑的碰撞 冥土
542 红与黑的碰撞 昏睡
543 红与黑的碰撞 侵入
544 红与黑的碰撞 觉醒
545 红与黑的碰撞 搅乱
546 红与黑的碰撞 伪装
547 红与黑的碰撞 遗言
548 红与黑的碰撞 嫌疑
549 红与黑的碰撞 清白
550 红与黑的碰撞 决死
551 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
554 卡拉OK包房的死角（前篇)
555 卡拉OK包房的死角（后篇） （本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一）
556 红白黄色和侦探团 （水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
557 柯南VS 双重暗号之谜
558 推理对决！新一VS冲矢昴
562 怪盗基德的瞬间移动魔术
563 怪盗基德的瞬间移动魔术
570 杀人犯 工藤新一 上集
571 杀人犯 工藤新一 下集
572 新一的真实身份和兰的眼泪 （工藤新一第三次恢复）
573 新一的真实身份和兰的眼泪
574 真正想知道的事
575 憎恨的蓝色火花 上集 （最前面一部分，交代上一集的结果）
576 憎恨的蓝色火花 下集
588 怪盗基德vs最强金库 上集
589 怪盗基德vs最强金库 下集
593 鱼儿消失的一角岩(前篇)
594 鱼儿消失的一角岩(后篇) （冲矢昴的言语直逼灰原）
614 侦探团VS抢匪团 骚动（“烧伤赤井秀一”登场）
615 侦探团VS抢匪团 沉默
629 引发危机的红色前兆 （发生诸多故事为下集埋伏笔）
630 黑与13的暗示 （疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
631 步步逼近的黑色期限
632 摇曳的红色目标 （水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功，后来得知贝尔摩德通知后，GIN主动放弃，还笑着说：“真是独断专行，他还是那么让我不爽。……真希望他只是小说中的人物，像夏洛克福尔摩斯那样的侦探”)
636 跨越时空的樱花之恋
637 消失在黑暗中的麒麟角
638 基德vs四神侦探团
667 福尔摩斯默示录（名侦探的弟子）
668 福尔摩斯默示录（Love is 0）
669 福尔摩斯的默示录（撒旦）
670 福尔摩斯的默示录（Code break）
671 福尔摩斯的默示录（草场女王）
672 福尔摩斯的默示录（0 is Start）（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
673 紧急事态252 上集
674 紧急事态252 下集（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉）
678 柯南与基德的龙马宝物攻防线 上集
679 柯南与基德的龙马宝物攻防线 下集
697 幽灵饭馆的推理对决 上集（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑）
698 幽灵饭馆的推理对决 下集（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）
699 侦探事务所挟持事件 突发（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持，事态危急）
700 侦探事务所挟持事件 阻击
701 侦探事务所挟持事件 解放
702 柯南VS平次东西侦探推理对决 上集（FBI的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生，显得更加可疑）
703 柯南VS平次东西侦探推理对决 下集
708 博士的影音网站 上集 （世良她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）
709 博士的影音网站 下集
719 婚礼前夕（前篇） （安室透登场）
720 婚礼前夕（后篇）
723 侦探们的夜想曲（事件）
724 侦探们的夜想曲（诱拐）
725 侦探们的夜想曲（推理） （毛利小五郎暴露自己设置密码通常为：5563）
726 侦探们的夜想曲（波本） （简单的案件引出了波本，安室透、世良真纯、冲矢昴他们互相见面，最后Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话，说明以上人中有一个就是波本）
727 一丁点都不原谅（前篇） （里边提到了上集的一些内容，让灰原哀想到了冲矢昴和诸星大{也就是赤井秀一}有某方面的联系，暗示出冲矢昴有可能是赤井秀一假扮的，赤井秀一是没有死的）
728 一丁点都不原谅（后篇）
733 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始） （伊达航成安室透为老朋友）
734 以性命为赌注的恋爱转播（穷途末路）
735 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
736 泡沫 热气与烟 （上）（剧中提到了灰原哀对冲矢昴的认识：就是前几集提到的认为他是赤井秀一扮的；冲矢昴表现出了极强的洞察力，结尾处冲矢昴叫灰原哀为公主）
737 泡沫 热气与烟 （下）
742 工藤优作未解决的事件（上） （世良和冲矢昂见面，冲矢昂知道柯南真实身份）
743 工藤优作未解决的事件（下） （世良说出:我果然是个坏孩子呢）
751 迫近灰原秘密的黑影 上篇
名侦探柯南主线剧情的整理
