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9、核酶：具有催化功能的RNA分子。 10、断裂基因：基因的编码序列被不编码的插入序列分割成几段，这样的基因称为断裂基因。 11、内含子： 大多数真核生物基因的核苷酸顺序不全部反映到蛋白质一级结构上。不编码的插入序列，称内含子
12、外显子：大多数真核生物基因，编码的序列称外显子。
13、拼接： 断裂基因的原初转录产物除去插入部分，使编码区成连续序列的过程。
14、内含子的GT－AG规则：几乎所有编码蛋白质的核基因内含子5’端是GT，而3’末端是AG。 对应于pre-mRNA来说是GU－AG。这种类型的内含子称为主要内含子。少数内含子5’端是AT， 3’末端是 AC。这种类型的内含子称为次要内含子。GT－AG规则不适用于线粒体和叶绿体基因、tRNA和rRNA基因的内含子。
15、拼接体：由U1,U2,U4,U5和U6 snRNP以及一些拼接因子在RNA拼接位点组装而成的复合物。mRNA前体的拼接在拼接体中进行。
16、反式拼接:分子间的拼接，称反式拼接。一个RNA分子的5’拼接点与邻近的另一RNA分子的3’拼接点间发生类似顺式拼接过程，可使前者5’拼接点上游序列与后者3’拼接点下游的序列连在一起。
17、选择性拼接：在高等生物中，一个基因在不同的发育阶段、细胞类型和生理状态下，通过不同的拼接方式，得到不同的mRNA产物，称选择性拼接。
18、外显子洗牌：不同基因中，两个或多个编码不同结构域的外显子彼此连接形成全新编码顺序，称为外显子洗牌。外显子洗牌是基因进化的一种方式。
19、RNA编辑：mRNA分子由于核苷酸的缺失、插入或置换导致序列发生了不同于模板DNA的变化，这种现象称为RNA编辑 二、简答题
1、何谓中心法则？
由克连克首次提出的遗传信息传递规律，该法则阐明了DNA复制、RNA转录以及翻译产生蛋白质在生命过程中的核心地位。
2、简述原核生物RNA聚合酶各亚基组成及各亚基功能。 细菌RNA聚合酶核心酶：a2ββ’ω；全酶a2ββ’ω
a:核心酶组装；DNA双链解开；与调节蛋白相互作用；与启动子识别有关 β: 催化磷酸二酯键形成, 与β’ 一道构成催化中心 β’ 与DNA模板非特异结合
σ :负责模板链的选择，识别启动子，保证转录正确起始 ω : unkown
3、简述原核生物启动子的保守核心序列及其功能。
E. coli中σ70 识别的启动子包含两个保守的核心序列： -10 区 (Pribnow box)中心位于转录起始位点上游10bp处，一致序列(Consensus sequence)为T80A95T45A60A50T96, 所以称-10 区。为RNA聚合酶牢固结合位点。 -35 区 (Sextama box)
中心位于转录起始位点上游35bp处，一致序列为T82T84G78A65C54A45。为RNA聚合酶识别位点。
-35区和-10区是σ70启动子的核心元件，除此之外， 还包括上游元件（ UP element ）。 上游元件是-35区上游的一段DNA序列，它为RNA 聚合酶提供了另外的作用位点，起增强转录频率的作用， 赋予启动子特异性。 4、简述影响原核生物启动子的因素。
在―10区和－35区之间的序列并不重要，然而两者间的距离却对启动子强度有较大影响。
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-35区与-10区间的距离对σ因子与启动子的结合及转录起始的频率有较大影响。以17bp最强。
5、简述足迹法的原理及用途。
足迹法，用来测定DNA（或RNA）的蛋白结合序列的一种技术。 原理：用核酸酶消化放射性标记的核酸样本，核酸中结合有蛋白的部位受保护不被消化, 没有结合蛋白的部位不被保护，受保护与不受保护的样本的凝胶电泳带不同。 用途：利用该技术可以确定启动子的核苷酸顺序。 6、简述原核生物终止子类型及各自的结构特点。 不依赖于ρ因子和依赖于ρ因子；不依赖于ρ因子结构特点：富含GC的茎-环 (stem -loop)结构;茎-环结构后连续的U。依赖于ρ因子结构特点：必需在ρ因子的存在下才发生终止。其回纹结构不含富G－C区，回纹结构后也无寡聚U。细菌中少见。噬菌体中多见。 7、简述真核生物RNA聚合酶的类型、细胞中的位置及所负责转录的基因。 RNAPⅠ：核仁，rRNA gene（5.8S, 18S, 28S) ，except 5s rRNA gene) RNAP Ⅱ：核质，all protein genes, most snRNA genes
RNAP Ⅲ：核质，5s rRNA gene, tRNA gene，Sn U6RNA, 胞质小RNA（scRNA） 8、图示蛋白质基因启动子元件的组成。
9、简述增强子的特点及其与启动子的区别。
增强子：指增强基因的启动子的活性，促进转录起始的DNA顺式元件。（1）它没有方向性，
GC box 增强子 CAAT box TATA box 不管其位于启动子上游还是下游，对相邻的启动子起促进作用；将增强子序列倒转，也起作-110 ~ -80 -80 ~ -70 -30 ~ -20 转录起始位点 用。 （2）ATATAA GCCACACCC CCAAT +1 可以远距离发挥作用；（3）要有启动子才能发挥作用，没有启动子存在，增强子
或 Py A Py
不能表现活性。作用：增强基因转录起始的频
GGGCGGG 率，即增强基因的启动子活性。
UPE or UAS
与启动子的区别：都是顺式作用元件。但： a.相对于启动子来说，增强子的位置不固定；而启动子位于基因转录起始位点上游的固定区域内。
b. 可以在很远的范围内发挥作用；而启动子只能在临近的范围起作用。
c. 无方向性：可以在启动子的上游，也可在启动子的下游；将增强子序列倒转，也起作用。 d. 调节元件的密度大 ，排列紧密。
10、何谓核酶？简述其种类及发现的意义。 核酶：具有催化功能的RNA分子。
类型 ① 剪切型 ：相当于内切核酸酶 ② 剪接型 ：相当于内切核酸酶及连接酶 ③ 其他类型：如核苷酸转移，脱磷酸作用 意义 ① 突破了酶的传统概念； ② 揭示了内含子自我剪接的奥秘，促进了RNA的研究 ； ③为生命的起源和分子进化提供了新的依据；④为治疗破坏有害基因，肿瘤等疾病提供手段。
11、简述真核生物mRNA的加工方式。
5’ 加帽；3’ 加poly A尾巴；拼接；编辑；修饰
12、简述mRNA前体分子中有关内含子拼接所必需的保守序列（图示）。
（1） 5’ splice site （2） 3’ splice site 5’ Exon AG GU Intron AG G 3’ Exon
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Y= pyrimidine R= purine
N=anything AG前18 - 40 nucleotide的位置
YNYRAY
(3) Branch point 13、第一类内含子、第二类内含子和mRNA前体内含子拼接的异同。 相同点： 化学过程的本质都是两次转酯反应。 不同点：group Ⅰ和group II 内含子有自我拼接功能； group III内含子需要拼接体催化。
groupⅠ需游离的鸟苷或鸟苷酸作为辅助因子，鸟苷（酸）3’-OH作为亲核供体；自我催化。 group II内含子中腺苷酸残基2’位羟基作为亲核供体，去除的内含子形成套马索结构；自我催化。
Pre-mRNA内含子：内含子中分枝点序列中的腺苷酸残基2’位羟基作为 亲核供体，去除的内含子也形成套马索结构；需要 在拼接体中完成拼接。 14、试比较原核生物与真核生物转录及转录产物的差异。
在原核生物中，转录、翻译、降解同时进行；就整体而言，寿命较真核生物的短。 多顺反子mRNA ：编码多个蛋白质或多肽链的mRNA。
在真核生物中，转录、翻译分时间、分地点进行；寿命也较原核生物的长；原初产物需经过5’加帽、 3’加poly A尾、拼接等加工过程才能形成成熟的mRNA； 单顺反子mRNA：只能编码一条多肽链或蛋白质的mRNA。 三、问答题
举例说明病毒是何以实现早期、中期、晚期基因转录的时序控制的。 噬菌体的一些早期基因是通过宿主的RNA聚合酶转录的，这些早期基因中就有调节蛋白的基因，编码调控下一组噬菌体基因表达的调节蛋白。 调控蛋白的作用有两种基本类型：
作用于噬菌体基因的启动子
抗终止，RNA聚合酶发生通读
第五章
一、名词解释
1、翻译:以氨基酸为原料,以mRNA为模板,以tRNA为运载工具,以核糖体为合成场所起始、
更换sigma因子；
合成病毒特有的RNA聚合酶
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延长、终止各阶段蛋白因子参与, 合成蛋白质的过程。
2、多顺反子：含有多个开放读码框（ORF）的mRNA，或编码不只一条多肽或蛋白的mRNA，称多顺反子mRNA 。
3、SD序列：又称核糖体结合序列（ribosome-binding sequence, RBS）。原核生物mRNA通常含有一段富含嘌呤碱基、能与16S rRNA 3’端的嘧啶碱基互补配对的序列，它通常在起始AUG上游10个碱基左右，在mRNA和核糖体结合以及起始AUG的识别中起重要作用。 4、Kozak序列：真核生物mRNA起始AUG所在的一段保守序列——GCCA/GCCAUGG，是40S核糖体亚基识别起始密码子的位点。这段序列能提高翻译效率。
5、遗传密码子:指核苷酸三联体（triplet）决定氨基酸的对应关系。-共64个遗传密码，三联体= 3个连续的核苷酸组成一个密码子，决定一个氨基酸。 起始密码----AUG终止密码----UAA/UGA/UAG
6、同功tRNA：每种AA都有一种或数种相对应的tRNA；携带相同氨基酸而反密码子不同的一组tRNA称为同功tRNA( cognate tRNA )。
7、密码子的简并性：一个A.A有多个密码子的现象。
8、tRNA副密码子：氨酰tRNA合成酶识别AA和相应tRNA的特异性取决于tRNA的AA接受臂（acceptor arm）和反密码子环的某些位点，这些位点称为副密码子。 二、简答题
1、遗传密码子有何特点？
（1）方向性与连续性:连续阅读从mRNA5'--3’，阅读框移位（frame shift），蛋白功能丧失 （2）简并性：一个A.A有多个密码子的现象(简并性);编码同一个氨基酸的一组密码子称为同义密码子。
（3）兼职性：AUG：起始信号和Met的密码子
（4）通用性：从最简单的生物（病毒）到人类，使用同一套遗传密码 2、同工tRNA反密码子的变偶性有何生物学意义？
tRNA的反密码子的变偶碱基（5’第一个碱基）决定了该tRNA能够识别密码子的个数
3、比较原核生物与真核生物翻译的差异（可列表）。 遗传密码 转录与翻译 起始因子 mRNA 真核生物 相同 原核生物 不同 不偶联，mRNA的前体要加工 偶联 多、起始复杂 5’端：帽子 3’端：尾巴 单顺反子 5’端：Kozazk序列 少 无需加工 多顺反子 5’端：SD序列
第六章 一、名词
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1、基因表达：基因转录成RNA再翻译成蛋白质的过程，称基因表达（expression）。对rRNA、tRNA基因来说，其表达即基因的转录。
2、诱导与阻遏:在特定环境信号刺激下，相应的基因被激活，基因表达产物增加，这种基因称为可诱导基因，可诱导基因在特定环境中表达增强的过程，称为诱导（induction）。如果基因对环境信号应答是被抑制，这种基因是可阻遏基因，可阻遏基因表达产物降低或表达关闭的过程称为阻遏（ repression ）
3、细菌的严谨控制：当处于氨基酸饥饿，无法满足蛋白质的正常合成，细菌关闭大部分的代谢过程，借以渡过难关。这种现象称为严谨控制。
4、降解物阻遏：葡萄糖降解物引起其他糖对应的操纵子关闭，称降解物阻遏
5、操纵子：在原核生物中，若干结构基因可串联在一起，其表达受到同一调控系统的调控，这种基因的组织形式称为操纵子。
6、弱化子：是指原核生物操纵子中能显著减弱甚至终止转录的一段核苷酸序列，该区域能形成不同的二级结构，利用原核生物转录与翻译的偶联机制对转录进行调节。可以理解成“位于操纵子结构基因上游前导区的终止子”。 二、问答题
1、何谓操纵子？举例说明操纵子的组成结构。
操纵子是指在原核生物中，若干结构基因可串联在一起，其表达受到同一调控系统的调控，这种基因的组织形式称为操纵子。 典型的操纵子可分为控制区和信息区两部分。信息区由数个结构基因串联在一起组成；控制区通常由调节基因、启动子序列(promoter,即RNA聚合酶结合区）、操纵序列（operator,即调节蛋白结合位 点）和CAP结合位点构成。 2、试述乳糖操纵子是如何实现基因的正、副调控的？
阻遏蛋白的负（性）调节 ：在没有乳糖存在时，乳糖操纵子处于阻遏状态；当有乳糖存在时，乳糖操纵子即可被诱导
CAP的正（性）调节 ：葡萄糖存在时 [cAMP]降低，因而[cAMP?CAP]降低, 抑制操纵子转录，只能利用葡萄糖；无葡萄糖而只有乳糖时 [cAMP]高，cAMP?CAP与操纵子的CAP位点，激活转录，细菌利用乳糖。
3、试述色氨酸操纵子的工作原理。 （1）5个合成Trp的结构基因；（2）Trp有限时，这些基因有效地表达； （3）2个水平调节：Trp repressor（转录起始）；弱化子（转录终止） 4、原核生物中翻译水平的调控有哪些方式？
（1）核糖体蛋白合成存在反馈抑制；(2)mRNA翻译能力的差异 (3)反义RNA的调控作用 5、举例说明弱化子工作的原理及其生物学意义。
原理：原核生物中，转录和翻译偶连。前导区的转录紧接着前导mRNA的翻译；前导肽mRNA含2个连续的Trp密码子。如果细胞中Trp浓度很低，核糖体就会在此暂停；核糖体的暂停改变前导mRNA的二级结构，2&3配对，不形成内在性终止子结构，转录继续。如果细胞中Trp浓度高，核糖体很快通过2个连续的Trp密码子，3&4配对，形成内在性终止子结构，转录终止。 意义：（1）氨基酸合成中的反馈抑制。经济的原则。（2）细菌利用阻遏和弱化双重机制感受细胞内外Trp的变化，精确调控Trp的合成。反应灵敏。（3）单独的弱化作用的效率很高，其他氨基酸操纵子如His、Leu，没有阻遏蛋白，全靠弱化作用调节。效率高。（4）提供了一条不依靠调节蛋白，只依赖RNA结构的基因表达调控途径。
第七章
一、名词解释
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分子生物学2-7章作业及答案
