SDS-PAGE电泳的基础原理和实验步骤
1. 名称：
SDS-PAGE（sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis）
十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳
2. 原理：
此项技术的原理，是根据样品中蛋白质分子量大小的不同，使其在电泳胶中分离。
不同的蛋白质在不同的pH值下表现出不同的电荷，同时蛋白质具有不同的大小和形状。为了使蛋白在电泳中的迁移率只与分子量有关，我们在上样前，通常会进行一些处理。
上样缓冲液由Tris-HCl（pH6.8） 、甘油，10％SDS、β-巯基乙醇、0.1％溴酚蓝以及蒸馏水组成。其各自的作用如下述：
SDS 即十二烷基硫酸钠，是一种阴离子表面活性剂，它可以断开分子内和分子间的氢键，破坏蛋白质分子的二级和三级结构； β-巯基乙醇是强还原剂，它可以断开半胱氨酸残基之间的二硫键。由于SDS和巯基乙醇的作用，蛋白质完全变性和解聚，解离成亚基或者单个肽链，因此测定结果只是亚基或者单个肽链的分子量。同时，SDS与蛋白质结合引起蛋白质的构象改变，形成长椭圆棒状，不同蛋白质短轴长度都一样，长轴随蛋白分子量不同而不同，这样就消除了性状的影响。另外，解聚后的氨基酸侧链和SDS结合成蛋白- SDS胶束，所带的负电荷大大超过了蛋白原有的电荷量，这样就消除了不同分子间的电荷差异和结构差异。
甘油用以增大样品液密度，使加样时样品溶液可以快速沉入样品凹槽底部。
样品处理液中通常还加入溴酚蓝染料，用于监控整个电泳过程。
SDS-PAGE一般采用的是不连续缓冲系统，与连续缓冲系统相比，能够有较高的分辨率。
浓缩胶的作用是有堆积作用，凝胶浓度较小，孔径较大，把较稀的样品加在浓缩胶上，经过大孔径凝胶的迁移作用而被浓缩至一个狭窄的区带。样品液和浓缩胶中Tris-HCl均为pH6.8,上下槽缓冲液含Tris-甘氨酸（pH8.3）,分离胶含Tris-HCl(Ph8.8).
电泳启动时，蛋白样品处于pH6.8 的上层，pH8.8 的分离胶层在下层，上槽为负极，下槽为正极。出现了 pH 不连续和胶孔径大小不连续：启动时Clˉ解离度大，Proˉ解离度居中，甘 aaCOOˉ解离度小，迁移顺序为（pH6.8）Clˉ> Proˉ >—COOˉ。在 Clˉ与 Proˉ之间和 Proˉ与—COOˉ之间都将出现低离子区，同时也出现高电势，高电势迫使 Proˉ向 Clˉ迁移，—COOˉ向 Proˉ迁移。如：一个 Clˉ领路，—COOˉ推动，蛋白在中间，这样就起到浓缩的作用了。在浓缩胶运动中，由于胶联度小，孔径大，Proˉ受阻小，因此不同的蛋白质就浓缩到分离胶之上成层，起浓缩效应，使全部蛋白质处于同一起跑线上。当蛋白质进入分离胶时，此时Proˉ，Clˉ，甘 aa 离子在 pH8.8 的溶液中，Clˉ完全电离而很快到达正极，甘 aa 电离度加大很快跃过蛋白质，而到达正极，只有蛋白质分子在分离胶中较为缓慢的移动,并被筛分而依各自的大小分离。
SDS-PAGE的有效分离范围取决于用于灌胶的聚丙烯酰胺的浓度和交联度。甲叉双丙烯酰胺和丙烯酰胺在过硫酸胺的作用下聚合形成胶。过硫酸铵（AP）在隔氧的状态下，最好现配现用，使用新鲜的。TEMED即四甲基乙二胺，为加速催化剂。
交联后，形成SDS-蛋白复合物必须通过的小孔。这些小孔的孔径随甲叉双丙烯酰胺和丙烯酰胺的比率增加而变小，比率接近1:20时孔径达到最小。而其比率大多按1:29配制，试验表明他能分离大小相差只有3%的蛋白质。
SDS聚丙烯酰胺凝胶的分离范围：
3.试剂和器材：
10％SDS10％过硫酸铵(新鲜配制) 1.5M Tris-HCl
1.0M Tris-HCl30％丙稀酰胺TEMED原液
考马斯亮蓝R-250染色液(考马斯亮蓝R250+甲醇+冰醋酸)
SDS—PAGE凝胶电泳(细致分析)
