温州大学教学进度和计划表
（2017-2018学年 第1学期）
课程名称：生物信息学开课班级：15生技教师姓名：王圣钦周次周（按校学历表）时授课章节教学目的第一章 绪论 了解生物信息学兴起的主要原因。历数遗传学和基因组学领域中各里程碑事件及基因组测序技术的发展。理解生物信息学的基本概念和目前生物信息学中的各热点问题。掌握什么是生物信息学的研究对象和研究内容，以及几个重要的生物信息学资源和主要生物信息学工具。理解生物信息学的交叉学科和大科学特点。教学重点、难点1、生物信息学的定义、基本概念及其发展现状 2、生物信息学研究的基本内容、基本原理与生物学基础 3、生物信息学的交叉学科和大科学特点 职称：讲师教学内容所在学院（系）：生命与环境科学学院授课方式（包括讲授、实验操作、上机作业布置、观摩录像、分组讨论等）讲授与讨论本章课后同步复习题。总学时：64 （其中，理论：48 实验： 上机：16）
132343第二章 了解几个注释较好的1、常用核酸和蛋白质序讲授与讨论生物序列资源提供基因组浏览器的列和结构数据库的种类和与检索 生物数据库资源（如内容 NCBI，UCSC和EMBL2、数据库的格式和注释 等）其各自的特点及3、数据库构建、各种数它们之间的联系。理据库包含数据的种类 解DNA序列的存储数据库（如GenBank，DDBJ，EMBL等）和蛋白质序列的存储数据库（如UniProt等）中一些关键序列号的意义和数据库内部结构的组织等。了解常用的公共基因表达数据库、表达序列标签数据库dbEST。掌握目前已有的蛋白质相互作用数据库，生物通路数据库和蛋白质结构数据库。能够根据自己问题出发找到感兴趣的蛋白质所涉及的相互作用，参与的生物通路和三维结构。 第三章 了解核酸序列比对的1、双序列比对 讲授与讨论序列比对 内容和相似序列的获2、序列比对算法 得方法，理解序列比对和数据检索的原理和意义。 第三章 序列比对掌握常用数据库的检1、多序列比对索流程讲授与讨论本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。53本章课后同步复习题。周次周（按校学历表）时教学内容授课章节教学目的教学重点、难点第四章 1、熟悉核酸序列分析1、核酸序列分析的内序列特征分析和基因组分析的主要容，序列分析工具的使内容，掌握常用序列用，以及基因结构与DNA分析工具的使用，理序列分析的生物学意义 解基因结构与DNA序列2、通过序列对比，推测分析的生物学意义 分子的同源性；全基因组2、了解RNA的信息功比较结果的可视化，电子能、种类、序列特征PCR 、熟悉常见RNA二级结3、RNA的种类及其序列和构和三级结构特征、结构特征，RNA二级结构了解二级结构预测的预测理论 原理，掌握二级结构预测的方法和相关软件的使用 第四章 了解蛋白质序列分析蛋白质序列分析 序列特征分析的主要内容，掌握蛋白质序列特征分析工具的使用 授课方式（包括讲授、实验操作、上机作业布置、观摩录像、分组讨论等）讲授与讨论本章课后同步复习题。63讲授与讨论本章课后同步复习题。7383第五章 了解分子系统学（或1、系统发育模型的组成讲授与讨论系统发生与分分子进化）的有关概、建立与分析，分子进化子进化分析念和理论，理解系统树的构建 发言模型建立的原理2、构建进化树的原理和和方法，熟悉分子进算法 化树的建立、分析，熟练掌握一种以上的系统发育分析软件的使用。 第五章 了解分子系统学（或1、系统发育模型的组成讲授与讨论系统发生与分分子进化）的有关概、建立与分析，分子进化子进化分析 念和理论，理解系统树的构建 发言模型建立的原理2、构建进化树的原理和和方法，熟悉分子进算法化树的建立、分析，熟练掌握一种以上的系统发育分析软件的使用。第六章 了解常见的芯片/测序1、芯片或测序数据的差讲授与讨论基因表达数据平台与数据库，理解异表达分析，聚类分析 分析 数据预处理及差异表2、聚类分析的原理和算达分析，理解聚类分法 析，分类分析及深入分析，掌握常用的表达谱分析软件及方法。 本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。93本章课后同步复习题。103周次周（按校学历表）时教学内容授课章节教学目的第七章 掌握结构分析工具的蛋白质结构与使用，熟悉蛋白质结功能分析 构分类，理解蛋白质结构同源模建方法，了解蛋白质空间结构的预测手段。会利用工具和网络数据库进行简单的蛋白质二级结构预测，了解蛋白质三级结构预测，了解蛋白质组数据分析方法。 授课方式（包括讲授、实验操作、上机作业布置教学重点、难点、观摩录像、分组讨论等）1、蛋白质二级结构预测 讲授与讨论本章课后同2、蛋白质结构同源模建步复习题。方法，蛋白质三级结构预测 113123第七章 了解基因功能预测与1、??基因功能富集分析的讲授与讨论蛋白质结构与基因组的注释方法，原理和方法 功能分析了解基因组的功能富2、??Gene Ontology数据库集分析。 和KEGG通路数据库 第八章 了解基因功能预测与1、??基因功能富集分析的讲授与讨论基因注释与功基因组的注释方法，原理和方法 能分类 了解基因组的功能富2、??Gene Ontology数据库集分析。 和KEGG通路数据库 本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。133第九章 1、了解新一代测序技DNA测序数据分析方法及讲授与讨论新一代测序技术常用测序仪及工作应用143术与常用算法 原理 2、熟悉常见的DNA测序技术及应用 第九章 熟悉常见的RNA测序技RNA-seq测序数据分析方讲授与讨论153新一代测序技术与数据分析方法 法及应用术与常用算法 第九章 1、了解ChIP-seq技1、ChIP-seq技术原理和讲授与讨论新一代测序技术原理和数据处理方数据处理方法 术与常用算法 法 2、常用算法的理解 1632、了解新一代测序技术分析过程中常用的算法 第十章 1、了解药物靶标数据1、药物靶标的识别 讲授与讨论药物生物信息资源和药物靶标的结2、基于药物基因组学的学 构预测 新药开发 2、了解药物基因组学173的概念与新药开发 3、了解药物基因组数据库 该门课程教学大纲的学时数和本学期实际学时数发生冲突时，你的教学安排的处理意见：本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。本章课后同步复习题。教学承担单位审批意见：使用教材：生物信息学 主编 刘娟必读参考书：注：1、本表作为检查该门课程的教学计划和教学大纲执行情况的依据，请务必认真填写； 2、本表壹式叁份，教务部、所在学院（系）、本人各留壹份，并向教学班公布； 3、本表务请在开学初第二周内报教务部。
年 月 日选读参考书：：生物信息学 主编 李霞温州大学教务部制
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