? 中心Gromacs使用指南
1、以下内容中hpc-user表示用户已开通的高性能帐号；login node 表示不同分区登录节点；compiling node 表示不同分区登录节点； 2、在编译节点也可以提交任务； 3、文件及文件夹命名方式仅供参考； 4、在作业提交之前，建议使用者熟悉Linux操作的几个常用命令（例如：vi或vim、cd、mkdir、ls、pwd等）和Gromacs建模。 一、作业提交
? 1、在电脑上用Xshell客户端（或其他类似软件）登陆高性能账号，若不知道自己的高性能帐号在哪个分区，登陆帐号以后输入：pwd，可以看到如下图，home-后面的就是高性能帐号所在的分区（图中为YW分区）：
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2、如需直接提交作业，在高性能账号下创建放计算任务的文件夹test/gromacs/run-12（该名称可以根据自己习惯命名）：
hpc-user@login node:~> mkdir -p test/gromacs/run-12 ? 3、用FTP工具登录高性能帐号，将计算所需的算例文件通过XFTP（或类似工具）上传至账号目录下test/gromacs/run-12：
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4、切换至Xshell界面，进入算例文件夹中： hpc-user@login node:~> cd test/gromacs/run-12 ? 5、创建或拷贝提交作业的脚本文件gromacs-515_YW.lsf （也可在Windows系统写好以后用FTP工具上传；现以YW分区直接从公共目录中拷贝为例），Gromacs软件脚本的路径在/home-yw/soft/jobscripts/中。先查看脚本是否存在，图中gromacs-515_YW.lsf即为5.1.5版本所需脚本（如需2024.4，请拷贝对应的脚本）：
? 6、采用您最熟悉的方式将上述脚本拷贝至需要提交任务的文件夹中（注意cp后、./前有空格）：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> cp /home-yw/soft/jobscripts/gromacs-515_YW.lsf ./ ?
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? 7、修改模板脚本：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> vi gromacs-515_YW.lsf ? 8、输入字母“i”，进入编辑模式。脚本内容如下，部分内容需要根据情况进行修改：
1、APP_NAME=intelY_mid为提交作业计算的队列，不同的分区、不同的核数所使用的队列不相同，参见各分区提交作业脚本及队列说明； 2、NP=12为计算该作业设置的核数，可以根据任务的需要进行修改。除FN分区外，其他分区每个节点12核（FN分区32核），需要跨节点并行时，建议使用12的多倍值（新节点除外）； 3、-nb cpu -nsteps 1000为指定cpu计算、计算步数； 4、为输入文件名，要修改为需计算任务的名称。
#!/bin/bash APP_NAME=intelY_mid NP=12 NP_PER_NODE=12 RUN=\ CURDIR=$PWD source /home-yw/soft/envdir/gromacs-5.1.5-intel2016-openmpi-1.4.4-intel-fftw-3.3.4.sh echo -n \ \ > time date >> time mpirun -np $NP gmx_mpi mdrun -nb cpu -nsteps 1000 -deffnm MD -v -s echo -n \ time \ >> time ; date >> time ?
? ? 9、按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。
? 10、将脚本文件转换为UNIX格式（如从Windows系统上传的话必须要转换，不然提交作业时会报错；若直接拷贝公共目录中的脚本，并在Linux环境中进行修改，则可以省略步骤10、11。若提交作业的脚本名称不为gromacs-515_YW.lsf，则需要修改为对应的脚本名称）：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> dos2unix gromacs-515_YW.lsf ? 11、赋予脚本文件可执行权限：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> chmod +x gromacs-515_YW.lsf ? 12、用bsub命令提交作业脚本：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> bsub gromacs-515_YW.lsf
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13、如果提交正确，则会出现如下内容（其中Job后面的数字为：JobID，每个任务的JobID不一样，可根据JobID查看该任务情况，出问题时，请及时告知JobID，保留计算的输出文件）：
Job <> is submitted to queue
14、查看任务是否计算完成，可以使用bjobs命令（当出现：Done successfully. The CPU time used is xxxx seconds说明计算结束）： hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12> bjobs -l ?
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15、任务计算结束后，可以查看输出文件，检查任务是否计算成功（作业脚本中指定的输出文件）：
hpc-user@login node:~/test/gromacs/run-12>tail MD.log ? 16、如果计算成功，在输出文件MD.log的最后会出现如下部分：
? 17、计算完成后，继续进行后续操作或用FTP工具将文件下载后，进行分析。
二、短时间使用软件相关命令
? 1、Gromacs软件安装完成后会生成如下可执行文件：
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? ? 2、若需直接使用Gromacs软件的可执行文件进行短时间文件处理或操作，必须进入编译节点，请选择相应分区的编译节点：ssh +编译节点IP/名称。
? 3、把脚本中关于Gromacs的环境变量拷贝/添加至账号的~/.bashrc文件下即可（以YW分区5.1.5版为例，添加source /home-yw/soft/envdir/gromacs-5.1.5-intel2016-openmpi-1.4.4-intel-fftw-3.3.4.sh，注意source后面有空格）： hpc-user@compiling node:~/test/gromacs/run-12> vim ~/.bashrc
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4、若不会使用vi/vim命令，请参考vi/vim-创建/编辑文件。添加完成后，按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。
? 5、需要执行source ~/.bashrc，才能使其生效（若已经添加，则不用再添加，直接进入编译节点进行操作即可）。
? 6、即可进行短时间文件处理或操作。
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