凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多
态性分析
李强勇; 李旻; 曾地刚; 朱威霖; 彭敏; 杨春玲; 刘青云; 赵永贞; 陈秀荔; 陈晓汉
【期刊名称】《南方农业学报》 【年(卷),期】2020(051)002
【摘要】【目的】基于第三代高通量测序技术--单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料。【方法】采用SMRT测序对凡纳滨对虾转录组进行测序,经Illumina测序纠错后利用MISA对获得的转录组数据进行分析;以Primer 3.0设计微卫星引物,随机挑选40对微卫星引物进行PCR扩增验证,并选用扩增成功且具有多态性的微卫星引物用于不同养殖家系凡纳滨对虾遗传多态性分析。【结果】凡纳滨对虾转录组SMRT测序共获得51367条非冗余全长转录本序列,鉴定出39674条微卫星序列;微卫星的分布密度为0.232SSR/kb;以二核苷酸重复微卫星序列分布最多,共有22223条(占56.01%)。随机选取的40对微卫星引物中有26对微卫星引物能成功扩增出特异性条带;微卫星荧光分型结果显示,有16个微卫星位点具有多态性,共获得67个等位基因,平均等位基因数(Na)为4.2个,计算获得的平均观测杂合度(Ho)为0.511,平均期望杂合度(He)为0.451,平均多态性信息含量(PIC)为0.489。在16个微卫星位点中,有2个微卫星位点为低度多态性(PIC<0.25),6个微卫星位点为中度多态性(0.250.50);有4个微卫星位点偏移Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),其余12个微卫星位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。【结论】采用SMRT测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记是一种简单而高效的途径,有助于开展凡纳滨对虾的遗传育种研究工作。
【总页数】8页(P.429-436)
【关键词】凡纳滨对虾; 单分子实时(SMRT)测序; 微卫星分子标记; 多态性分析 【作者】李强勇; 李旻; 曾地刚; 朱威霖; 彭敏; 杨春玲; 刘青云; 赵永贞; 陈秀荔; 陈晓汉
【作者单位】广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021 【正文语种】中文 【中图分类】S917.4 【相关文献】
1.凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多态性分析 [J], 李强勇; 陈晓汉; 李旻; 曾地刚; 朱威霖; 彭敏; 杨春玲; 刘青云; 赵永贞; 陈秀荔
2.微卫星标记应用于凡纳滨对虾家系鉴别的研究 [J], 王鸿霞; 吴长功; 张留所; 相建海
3.凡纳滨对虾7个不同家系遗传差异的微卫星标记分析 [J], 冯娜娜; 徐真; 马洪雨; 马春艳; 乔振国; 马凌波
4.凡纳滨对虾微卫星位点在两个选育家系中遗传的初步研究 [J], 张留所; 相建海 5.凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用 [J], 李东宇; 孔杰; 孟宪红; 栾生; 罗坤; 卢霞; 曹宝祥
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凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多态性分析
