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近交系数和亲缘系数的计算 ?区别与联系 近交系数：一个个体的两个配子同源相同（identical by descent, IBD）的概率。 P(a?b)亲缘系数(relationship coefficient)：两个有亲缘关系的个体间的加性基因效应间的相关。 rCov(As,Ad)SD??As?Ad两个个体间的加性遗传相关(additive genetic relationship):是指在它们的基因组中具有同源相同基因的比例，或者说从个体x的基因组中随机抽取的一个基因在个体y的基因组中也存在的概率。用a1XY表示 2?P(a?c)?P(a?d)?P(b?c)?Pa(b?d)?XY即亲缘n1?n2 r??(1/2)(1?FA)系数的分子XY1?FX1?FYF1X?2aXSXD（2）近交系数的计算
B
E H
X
C
I
A
D
G
首先，找出A、B的共同祖先：
I、G、E
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F?n2?1根据此公式，X??(1/2)n1(1?FA)进行计算 n1?n2rXY??(1/2)(1?FA)1?FX1?FYF1X?2rsd1?Fs1?Fdr2FXSD?1?FS1?FD通径法 （1）近交系数的计算公式： F?2?1X?(1/2)n1?n(1?FA) FX为个体X的近交系数； n1为由该个体的父亲到共同祖先A的世代数； n2为由其母亲到A的世代数； FA是共同祖先A的近交系数； Σ则表示当个体的父亲和母亲有多个途径造成亲缘相关时, 则要对由所有途径所造成的近交求和。 4 （2）近交系数的计算
B E H
X
C
I
A
D
G
确定共同祖先的近交系数： 显然I、G的近交系数为0， 而
FE=0.53=0.125。
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（2）近交系数的计算 B
E H
X
C
I
A
D
G
确定连接A和B的通径链:
B←E→C→A
B←E→D→A B←E←G→D→A
B←E←H←I→G→D→A
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实际中用以下公式计算 个体的近交系数及个体间的亲缘系数 aXX?1?FXa1xy = ayx =2 (axys+axyd)FX?aXX?13.依据下列公式依次计算两两间的加性遗传相关。 a=1XX=1+FXFX2aXsXd 1 axy = ayx = (axy 2s+axyd)4.最后根据下列公式分别计算各个个体的近交系数；和两两间的亲缘系数。 FX?aXX?1rXYXY?aaXXaYY?最后，将各通径链的系数累加即得X的近交系数。 通径链 共同祖先的通径链近交系数 n1+n2+1 的系数 B←E→C→A FE?1(1484 1?12)(8) B←E→D→A FE?184 (1412)(1?8) B←E←G→D→A FG=0 5 (152)B←E←H←I→G→D→A FI=0 7 (172)FX = 23/128 8 一、列表计算个体的近交系数
B
E H
X
C
I
A
D
G
步骤：
1.将系谱中的个体按世代分别从左至右、从上到下排列起来（世代高者在前，同一世代，先出生者在前）；
2.将各个体的父母标在各个体的上方；
个体间的加性遗传相关（a） I I H G E G E E C D A B I H G E D C B A X I 1 1/2 1/2 1/2 1/2 1/4 1/4 3/8 5/16 H 1 1/4 5/8 7/16 5/16 5/16 3/8 11/32 G 1 5/8 13/16 5/16 5/16 9/16 7/16 E 9/8 7/8 9/16 9/16 23/32 41/64 D 21/16 7/16 7/16 7/8 21/32 C 1 9/32 23/32 1/2 B 1 23/64 87/128 A 39/32 101/128 X 151/128 F1X=2a1232315123AB=2×64=128或FX=aXX1=1281=1282
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二、群体的近交系数
1. 规则近交
2. 小群体
计算每个个体的近交系数，求算数平均数。
3. 大群体
随机抽取一定的样本，然后逐个计算近交系数，取平均值；
对有完整系谱记录的群体—计算机计算所有3. 闭锁群 长期不引进种畜的随机交配的群体 ?F?12N?1+1 E8Ns8NdFt=1 - (1-ΔF)t ΔF为近交系数每代增量 NS为每代参加配种的公畜数； ND为每代参加配种的母畜数； t为世代数；Ft为第t代的近交系数。 个体的近交系数
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动物育种学近交系数和亲缘系数的计算 - 图文
