如何看懂NCBIBLAST
输出结果
公司内部档案编码：[OPPTR-OPPT28-OPPTL98-OPPNN08]
如何看懂NCBI BLAST输出结果??
2010-11-13 10:38:11|??分类： 生物信息分析 |??标签：blast?? |字号大中小?订阅
本文转自：???? 写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最 相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息 等。当然Blast可以衍生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。
最新的BLAST结果报告解读，本文以BLASTP为例子，说明如何来解读BLAST结果。
示例 BLAST地址：
&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome
比对用的例子：
>gi||ref|| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus]
MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKGMPHKCYHGKTGRVYNVTQH
AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKGTWVQLNGQPAPPREAHF
VRTNGKEPELLEPIPYEFMA 数据选择：nr
比对时间：2009年9月9日12:46:23
解读报告前需要掌握的概念： alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段
Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高
E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度
Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列 Sbjct 代表数据库中的序列
结果详细说明 菜单与基本信息
NCBI Blast结果-菜单与基本信息
1.下一步操作的菜单，你可以调整参数，重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果；
2.此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头（大于号后面的），如果这个也没有找到，NCBI会自动生成一个；
3.你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度； 4.数据库的信息以及你选择的Blast程序；
5.查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。
Graphic Summary
Graphic Summary
1.保守域，Blastp时，如果与保守域数据库比对有结果时，方显示； of 100 Blast Hits on the Query Sequence，图的说明，仔细研读，是hits在输入序列上的分布；
3.这里是消息显示框，当鼠标放在坐标下的横线上，会显示代表的hit的信息；
4.颜色比例尺，代表hit的得分（score）区间，可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果； 5.输入序列的坐标；
6.每一条线段代表一个hit，在线段上点击，会链接到该hit详细的比对信息部分。
深入理解：由于blast是区段比对，对于给定的两个序列，blast会把具有相识性的片段（hit）找出来，显示的是hit的信息，所以要 判断两个序列的相似性，不但要看比对上的片段（hit）的得分，还要看hit覆盖你输入序列的范围，正因为此，这部分图形显示部分就像 整个报告的鸟瞰图一样，hit在你输入序列上的分布。本例是一个较短的蛋白质序列，所以不具有代表性，试想如果输入的是M级的核酸序列，你就知道意味着什 么了。这里要记住仅仅高分的hit不能说明问题，还要关注hit在输入序列中的位置。
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