中国科学院北京基因组研究所博士研究生入学考试
《生物信息学》考试大纲
本《生物信息学》考试大纲适用于中国科学院研究生院报考生物信息学专 业的硕士研究生入学考试。生物信息学是一门研究生物和生物相关系统屮信息 内容和信息流向的综合性科学。它采用信息科学、计算机科学、生物数学、比 较生物学等学科的观点和方法对生命的现象及其组成分子（核酸、蛋白质等） 进行研究，主要研究生命中的本质和规律，包括物质组成、结构功能、生命体 的能量和信息交换传递等。通过对生物信息的计算处理，人们能从众多分散的 生物学观测数据中获得对生命运行机制的详细而系统的理解。
考试内容
★生物信息学概论和数据库 ★序列数据的收集和存储 ★基因组序列组装和基因注释 ★基因结构元件识别和分析 ★双序列与多序列比对 ★数据库检索算法
★序列变异研究的算法与进化分析
★ RNA二级结构预测
★基因表达与调控网络 ★蛋片质分类与结构预测
考试要求
★
了解生物信息学概念、研究方向、发展趋势和重要事件，包括泛 基
因组和元基因组的概念，第一个全基因组序列和第一个基因组数据库的 产生等。 ★
了解重要的生物信息中心和常用数据库（包括DNA序列数据库、基
因组数据库、蛋白质序列及结构数据库）
★
了解不同类型序列数据的获取方式，掌握常用的序列存储格式及 转
换方式。 ★
掌握常用的序列联配算法及软件，掌握打分矩阵及空位罚分算 法，
理解贝叶斯统计在序列比对和进化分析中的应用。 ★
理解多重序列比对与进化分析的关系，掌握常用的渐进算法及软 件，
掌握统计算法及位置特异性打分矩阵。 ★ ★
掌握FASTA和BLAST系列算法。
理解进化分析与亲缘树的关系，掌握三种进化分析算法（最大似 然
法、距离法和最大简约法）。 ★
了解RNA二级结构与三级结构的特点，掌握两种RNA二级结构 预
测方法（能量最小化法、碱基共变识别）。 ★
掌握开放阅读框的预测方法，理解重复序列对基因预测的影响，掌
握微生物基因组的基因预测，理解真核生物基因预测与外显了?识别的关 系，掌握神经网络算法和模式识别算扶，了解启动子预测与调控模式的关 系，了解转录因子结合位点的概念及作用。 ★
掌握蛋白质结构的组成和层次，掌握序列相似性与结构相似性同 蛋
白质分类之间的关系，了解蛋白质结构比对方法，掌握蛋白质结构预测 方法，包括二级结构和三级结构。 ★
了解原核生物与真核生物基因组分析的异同点，理解同源性识别与
蛋白组分析，掌握基因组分析与进化的关系，了解功能基因组的研究方 法。 ★
掌握转录组分析基本方法，理解基因表达差异分析及代谢网络分析的 算
法和软件。
主要参考书目
序号
书名
作者
出版社
备注
中国科学院北京基因组研究所博士研究生入学考试《生物信息学》考试大纲.doc
