布在紧靠膜内连接跨膜区的环上，这就是所谓的“ 规则”。 9、根据以下Blast结果，说明我们检索的蛋白质可能的功能注释为 蛋白。
10、对蛋白质二级结构预测方法可采用参数Q3评估：Q3=（Pα+Pβ+Pcoil）/T，其中Pα代表 、Pβ代表 、Pcoil代表 ，T为 。
二、选择题
1、对于蛋白质同源结构模建，通常要求待模建序列与模板序列一致性超过 （ ） A. 60% B. 50% C. 40% D.30%
2、对于搜索不到同源模板的蛋白质，可尝试用以下哪种方法模建结构 （ ） A. Threading 法 B. SWISS-MODEL网络服务器 C. Homology法 D. 没有办法模建 3、给定一段核酸序列，可通过什么方法查找上面蛋白质编码区（ ） A．ORF Finder B. CpGPlot C. SWISS-MODEL D. Dock
4、同源结构预测时搜索到以下可用的模板，应选用哪个模板比较好（ ）
A. NMR测定的结构,一致性为30% B. X-ray测定结构，一致性为38%，3.0? C. X-ray测定结构，一致性为38%，2.0? D. X-ray测定结构，一致性为30%，2.0? 5、预测蛋白质上的跨膜区，可使用以下哪种软件或方法（ ） A. GeneSplicer B. Chou-Fasman算法 C. GOR D.TMHMM 6、分析蛋白质在细胞中的定位，可使用（ ） A. SWISS-MODEL B. PHD C.TargetP D. RepBase
三、名词
AA CompIdent，Compute pI/Mw，PeptIden，ProtScale，比较模建(Comparative modeling)，同源模建（homologous modeling），一维-三维剖面法，从头预测（ab initio prediction），卷曲螺旋（coiled-coils），折叠识别，InterProScan，PHD，PSIPRED，信号肽，跨膜区，正电荷局内规则
四、问答
1、实验中从鲨肝DNA文库中获得一段基因序列，简述如何用生物信息学方法分析其功能。 2、简述蛋白质结构同源模建的原理和一般过程。
第九章 生物信息软件
一、填空题 1、为使用PCR法克隆某个基因，在设计引物时候除需要设计两段分别与模板互补的片段外，还需要在这两个片段的5’端加上 和 。 2、可使用 软件进行引物设计。 3、设计引物时，除加上酶切位点外，还需要在酶切位点5’端加上 ，通常为 碱基。
4、例举两个常用的蛋白质结构浏览软件 、 。 5、蛋白质同源结构模建可以使用在线的免费预测工具 。
二、选择题
1、pQE30表达载体上常用的酶切位点有BamHI、 SacI 、KpnI 、SmaI 、PstI、 HindIII ，现预克隆的一段基因上有EcoRI、HindIII、SacI、AccI、PstI等酶切位点，那么在设计引物时候可以在两段引物上各加上哪个酶切位点序列 （ ）
A. BamHI、KpnI B、BamHI、HindIII C、HindIII、AccI D、HindIII、XhoI 2、以下关于力场的说法正确的是（ ）
A. CHARMm力场是一个适用于有机小分子的力场 B. CHARMm力场是一个适用于蛋白质的力场 C. 适用于蛋白质分析的力场只有AMBER力场 D. 以上说法都不正确
第十章 计算机辅助药物设计
一、 填空题
1、 虚拟筛选指的是将 中的化合物分子与 在计算机上逐一进行 ，然后按照一定的打分规则排序，从中筛选从潜在的药物。
2、以下缩写代表什么数据库？ CSD ， NCI 3、FlexX是一个 程序
二、 名词解释
计算机辅助药物设计，合理药物设计（rational drug design），直接药物设计方法，间接药物设计方法，QSAR，3D-QSAR，虚拟筛选，模板定位法，原子生长法，分子碎片法，活性类似物法（active analogue approach，AAA），Hansch法，比较分子场分析（CoMFA），DOCK
三、 问答题
1、 简述药物虚拟筛选的原理和过程。
2、 什么是分子对接，它依据的原理是什么？
3、 Spaltmann等提出判断一个基因是否适合作为抗菌靶标，其标准为什么？ 4、 简述如何利用基因组信息寻找新的药物靶点？ 5、 简述靶标有效性可以采用哪些方法验证？
生物信息学课程复习题
