基于GEO数据库进行人类皮肤芯片核苷酸切除修复基因
XPA表达的差异性
张璐; 吕乐春; 吴艳瑞; 袁方; 唐文羽; 邹显强; 李春银; 赵敏
【期刊名称】《《昆明医科大学学报》》 【年(卷),期】2018(039)003
【摘要】目的 从系统水平平行分析碱基切除修复相关途径中的重要基因XPA在众多人类皮肤疾病中的差异表达情况.方法 通过生物信息学的方法,利用ScanGEO工具对GEO数据库中59个皮肤或皮肤疾病样品相关的基因芯片数据从核苷酸切除修复途径进行平行比对,对XPA表达具有统计学意义的样本进行筛选和差异分析.结果 在皮肤恶性黑色素瘤、表皮损伤模型、DNA损伤和紫外线辐射、包皮成纤维细胞对弓形体RH 1型(ROP5)突变体感染的反应、白细胞介素-20亚族细胞因子对表皮角化细胞的影响、Egr-1对皮肤成纤维细胞体外过度表达的影响:时间过程、炎性树突状细胞的体外模型7个芯片样本中XPA的表达存在差异(P＜0.05),一般呈现下调表达.结论 基于GEO数据库和ScanGEO工具能够高效进行高通量共享数据的筛选和分析. 【总页数】4页(38-41)
【关键词】GEO数据库; 碱基切除修复; XPA; 基因表达差异 【作者】张璐; 吕乐春; 吴艳瑞; 袁方; 唐文羽; 邹显强; 李春银; 赵敏 【作者单位】昆明医科大学基础医学院 云南 昆明 650500 【正文语种】中文
【中图分类】Q756; TP392 【相关文献】
1.基于GEO数据库进行人类皮肤芯片核苷酸切除修复基因XPA表达的差异性 [J], 张璐[1]; 吕乐春[1]; 吴艳瑞[1]; 袁方[1]; 唐文羽[1]; 邹显强[1]; 李春银[1]; 赵敏[1]
2.核苷酸切除修复交叉互补基因1、核苷酸还原酶M1亚基及β-微管蛋白Ⅲ表达与非小细胞肺癌术后含铂类化疗方案治疗疗效的关系 [J], 廖茂良; 叶银燕; 熊娅琳
3.DNA修复基因:核苷酸切除修复基因单核苷酸多态与癌症发生风险的研究进展 [J], 尹娇杨; 李继承
4.寡核苷酸基因芯片筛选早期和晚期妊娠胎鼠皮肤内差异表达基因 [J], 陈伟; 付小兵; 葛世丽; 周岗; 韩冰; 孙同柱; 盛志勇
5.核苷酸切除修复交叉互补基因1、胸苷酸合成酶表达及尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1基因多态性对胃癌化疗疗效和预后的影响 [J], 杨帆; 魏小果
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基于GEO数据库进行人类皮肤芯片核苷酸切除修复基因XPA表达的差异性
