PCR设计引物时酶切位点的保护
切割率% 酶 Acc I 寡核苷酸序列 2 hr CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG CCACATGTGG CCCACATGTGGG AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA GGGT(A/T)ACCC GGCGCGCC CAGATCTG CGGATCCG CCCCGGGG GGCGCGCC CACATGTG GGTCGACC 0 20 hr 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 75 25 0 50 0 0 0 10 50 >90 0 0 0 >90 >90 >90 0 Afl III Asc I >90 >90 >90 Ava I >90 >90 >90 >90 >90 >90 0 >90 10 0 0 25 BamH I Bgl II BssH II BstE II BstX I AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG GGAATTCC CATCGATG AACTGCAGAACCAATGCATTGG 25 25 0 >90 50 >90 >90 >90 0 0 50 >90 0 >90 50 >90 0 0 Cla I EcoR I >90 >90
Hae III AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG CGACGCGTCG CCCATGGG GACGCGTC GGGTACCC CAAGCTTG GGGGCCCC >90 >90 0 10 >90 >90 25 50 0 0 0 75 75 10 10 10 10 25 25 >90 0 10 0 0 0 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 0 75 >90 >90 50 75 0 0 0 >90 >90 25 50 0 0 0 0 0 0 Hind III Kpn I Mlu I Nco I Nde I CATGCCATGGCATG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC GGGTTTCATATGAAACCC CCATATGG Nhe I CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA GGCTAGCC Not I AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA 10 10 90 >90 >90 >90 0 Nsi I Pac I TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG GTTTAAAC TTAATTAA 0 0 0 0 75 0 25 >90 25 50 >90 0 0 Pme I
Pst I GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT Pvu I ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA CGAGCTCG GCCGCGGC CCGATCGG AACTGCAGAACCAATGCATTGG 10 >90 >90 0 10 0 10 0 0 10 >90 >90 0 25 10 10 0 0 Sac I Sac II Sal I TCCCCGCGGGGA 50 10 10 10 75 0 0 >90 50 75 25 75 0 0 GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA GAGTACTC GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC Sca I Sma I AAAAGTACTTTT CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG GGCATGCC GACTAGTC CCCGGG 0 10 >90 10 0 10 50 >90 >90 10 Spe I 10 0 0 0 10 >90 >90 >90 75 75 10 10 0 0 >90 0 >90 50 50 25 50 >90 0 Sph I ACATGCATGCATGT Stu I GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG CCTCGAGG CTCTAGAG AAGGCCTT CATGCATGCATG >90 >90 >90 >90 >90 25 75 0 0 Xba I Xho I
Xma I CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA CCCCGGGG 25 50 >90 0 75 >90 >90 0 注释：
1．如果要加在序列的5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3‘端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。
2．切割率：正确识别并
酶切的效率
3。加保护碱基时最好选
用切割率高时加的相应碱基。 精心搜集整理，只为你的需要
保护碱基列表
