动力学计算步骤: 一、构造分子
1:File-new-3D atomistic document-重命名
2:构建分子-右键改Display style-adjust hydrogen加氢-clean
3:优化分子-moduces-forcite-calculation-几何优化 more里面可以改参数-改任务名称
-Run
二、构建晶胞
点开优化好的分子-modules-amorphous cell-construction-添加指定分子-改number,密度,number of configurations调成1-setup-forcefield-compass-Construct 三、使分子有序排列,构建超级晶胞
先构建一个分子的晶胞-bulid- symmetry –supercell-扩大a,b-保存 四、将不同晶胞合并
将两个晶胞的参数改成一样后,Bulid-bulid layer-打开所选晶胞-layer details 调节方向-bulid
五、动力学模拟计算
第一步:Forcite-calculation-dynamic-more-NVT,number of steps和flame output every一样;温度Anderen;Energy中forcefield选择compass-Run。
第二步:Forcite-calculation-dynamic-more-NPT,压力选择0.0001Gpa(常压),number of steps和flame output every一样;thermostat选择Anderen;barostat选择Berendsen;Energy中forcefield选择compass-Run 六、分析参数
Modules-forcite-analysis 1:径向分布。 2:密度分布。