第一章
1. 蛋白质 氨基酸构成 氨基羧基 H原子 R 2. 碱性 赖精组 酸性 天谷 Asp Glu
3. 肽键是有刚性的 酰胺键 部分双键防止肽键自由旋转 4. N-末端 正电荷 C-末端 负电荷 5. 多肽 肽键连接起来的聚合物 6. 一级结构 氨基酸顺序
7. 二级结构 多肽中的区域通过折叠产生 8. 三级结构 由不同二级结构组成
9. 四级结构 几条多肽链组成的蛋白质形状 10. 二级结构 a螺旋 b折叠 helix and sheet
11. 疏水相互作用 非极性分子远离水分子而互相聚集在一起
第二章
1. 核酸 长的小分子聚合物 2. 核苷酸 含氮碱基 糖 三磷酸 3. 一环 嘧啶 2N 4. 二环 嘌呤 4N
5. 大小沟 major minor 蛋白质大多结合在大沟 6. 一圈 3.4nm 10bp 宽度大约2nm
7. 变性 260nm 单链DNA吸收很多 光 复性 了解一下
8. 1.DNA链中的碱基序列可以用来保存生产蛋白质的氨基酸序列信息 9. 2.提供了作为遗传物质需要的稳定性 10. 3.对某些类型的损伤进行修复 11. 4.一定的脆弱性
第三章
1. 原核生物转录
2. 起始：闭合启动子复合体 开放启动子复合体 取得立足点 启动子清空 3. 延伸：局部分开两条链，RNA聚合酶创造了一个开口 转录泡 4. 终止 在型重视 和ρ依赖型终止 结合到RNA上形成发夹
5. 对基因的表达进行调控 何时该表达什么蛋白 特殊时期特殊表达。。
6. 操纵子：被协同调控的基因组织起来的结构 包含一个启动子和操纵基因（operator） 7. 乳糖操纵子：没有乳糖时乳糖会与lac阻遏蛋白结合 别构调控
8. 正调控 CAP能感应葡萄糖水平 低->激活lac基因的转录 不与葡萄糖直接结合 与
CAMP 这样的小分子结合而发挥作用 成反比（CAMP和葡萄糖） 9. 乳糖 诱导物 诱导了转录
10. 色氨酸操纵子 trp阻遏蛋白 辅阻遏物 11. 衰减作用：确保转录被彻底阻遏 12. 边转录边翻译 偶联转录-翻译
第四章
1.RNA聚合酶 I rRNA 2.III tRNA 5S rRNA U6 RNA
3. II SRNA MRNA
1. 通用转录因子与RNA聚合酶II在启动子位置形成的组合称为RNA前起始复合体 2. TF II D 8-10 subunits 其中一个 TATA结合蛋白（TBP） 必须 作为组织中心
3. TAF IIs TBP相关因子 取名就不能取得有意思一点 一看就不是合格的程序员 可读
性极差 不是必须的
4. 原核生物DNA结合基序 HTH
5. 真核生物DNA结合基序 同源异型域 三个a螺旋 6. Zinc fingers a+b+zn2+
7. 亮氨酸拉链 识别不同的DNA序列 异源二聚化作用 8. HLH
9. Trp阻遏蛋白 两个蛋白的二聚体
10. 激活蛋白也通过改变基因中DNA的高级包装情况来促进转录
第五章
1.真核生物mRNA 的修饰7-甲基鸟嘌呤核苷 the CTD
第六章 看问题
第七章
1. 组蛋白尾 对 组蛋白发挥调控作用是十分重要的，因为它上面的一些氨基酸残基可以发生改变 乙酰基 甲基 磷酸等基团可以共价连接上去
2.赖氨酸乙酰化 正电->中
3.甲基化 激活转录 也可 阻遏转录
4.染色质重塑蛋白 能对组蛋白密码发生相应响应
4.小RNA调控Mrna稳定性 RISC的蛋白复合体 这一复合体选用小RNA两条链中的一条并用它来与目标mRNA结合 极度匹配 切片 不是很匹配 干涉翻译
5.miRNa 源自于细胞基因 转录出的RNA长链中切割出来的 问题
1. 问题1：生物学家知道染色体早在他们知道遗传物质是DNA之前就携带了遗传物质。
你为什么认为花了这么长时间才发现DNA的重要性？ 1）。 染色体由DNA和蛋白质组成。 所以结构上DNA和蛋白质组分都可能是遗传物质;
2）DNA的结构仍然是未知的，因此很难让人们容易地接受DNA作为遗传物质; 3）人们还没有找到一种好的或适当的方法来验证DNA或蛋白质是否是遗传物质。 2. 问题2：许多生物学家认为，在早期的生命形式中，DNA和蛋白质非常少。 什么分子
可以代替？ 为什么这些功能很好的候选人？
答：RNA可能已经出现了。 因为1）像DNA一样，RNA可以在早期生活中用作遗传物质，如病毒;
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2）使用RNA还可以使病毒的早期生命直接从遗传物质中制备蛋白质，而不必像转录一样协调中间步骤。
3）RNA的相对不稳定性在其作为遗传物质的拷贝的作用中非常重要，因为这些拷贝需要被降解以使细胞具有动态生理学; 4）RNA可折叠成各种复杂的三维形状，与肽类似。 这意味着RNA可以起到酶的作用，可以具有远远超出其遗传物质作用的其他功能。 核糖体是制造蛋白质的高度结构化复合物，主要由RNA组成。
问题3：James Watson和Francis Crick发现DNA的结构被认为是生物学史上最重要的发现之一。 你为什么认为这可能是这种情况？ 答：因为1）这意味着DNA分子的结构已被证明 2）它也提示DNA的复制机制，揭示生命的奥秘。 3）它被认为是分子生物学诞生的象征
问题4：“基因”的概念并不简单，我们才刚刚开始发现基因是或可能是什么。 你目前对什么是基因的理解？
答：1）基因是DNA分子的一个片段。
2）大多数基因含有制造一种多肽的信息，其中一些含有制造多肽或RNA的信息。 3）基因是控制生物学特性的遗传物质的功能单位，结构单位和突变单位。
4）该单元片段中的许多核苷酸不是任意排列，而是排列成具有代码序列的含义。 问：DNA复制如此复杂的一些约束条件是什么？
答案：DNA复制是复杂的，因为没有步骤可以在没有蛋白质帮助的情况下快速或自发地发生。 一些所需的蛋白质含有在的限制，例如 DNA聚合酶只能在5'-3'方向合成新的DNA，DNA聚合酶由10个亚基组成，每个亚基具有独特的功能，DNA聚合酶也具有校对功能-3'-5'和5'-3'外切酶活性， 等等。
问题：真核细胞在DNA复制过程中面临的问题是什么，原核生物不需要处理？ 答：1）真核生物基因组比原核生物基因组大得多;
2）由于真核生物DNA与组蛋白相关，真核复制叉比原核叉更慢地移动;
3）真核生物复制在细胞的生命周期是协调的，并且所有的DNA只在S期复制一次。 4）真核生物复制必须处理引物问题 染色体的末端。
问题：滞后股是否比领先股更真实地合成？为什么或者为什么不？ 答案是肯定的，滞后股的合成速度比领先股慢得多。原因如下：
首先，与连续合成的前导链不同，滞后链不是合成为一条长链，而是由DNA聚合酶III跳回叉中引起的小片段合成，合成一段时间，然后再跳回来。
其次，如果没有引物合成的引物，DNA聚合酶III不能合成DNA。在引导链合成中，除复制起点外很少需要引物。然而，在滞后链合成中，每个冈崎片段必须以新引物开始。因此，首先必须为每个（1-2）kb的滞后链合成（1kb = 1000bp）添加引物。
并且在DNA复制完成之前，RNA引物必须被DNA聚合酶I替换为具有5'3'外切核酸酶活性的DNA。
最后，RNA引物降解和DNA聚合酶I合成DNA后滞后链中的空位将被连接酶密封。 所有这些步骤都需要时间。
问题：为什么真核基因在它们的调控DNA区域可能有许多不同的元件是重要的？ 答：这是因为真核生物有更多的基因，需要更复杂的基因表达调控。 真核生物启动子包含核心启动子元件，TATA盒，启动子，TF II B识别元件（BRE）和下游启动子元件（DPE）以及上游启动子元件，多种保守序列，包括GC盒和CCAAT盒。 然而，
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真核生物启动子几乎从未包含刚刚列出的所有元素。 不同的启动子包含这些元素的不同组合，从而提供了一种多样性，允许将数以万计的单个基因彼此清晰地区分开来。 问题：众所周知，许多增强子可以将数百或数千个碱基对从其正常位置移开并仍能正常工作。 为什么或者为什么不？
答：这是因为DNA可以环绕，这使得增强子和附着的特定转录因子与预先起始复合物接触。 因此，虽然增强子位于远离启动子的位置，但它仍然可以正常工作。
问题：蛋白质如何识别特定的DNA碱基序列？ 你会期望什么样的氨基酸对于识别和结合最重要？
答：它依赖于DNA的大沟中的结合，其中A，G，T，C的四个碱基是完全可区分的。 然而，如果在小沟中结合，G与C无法区分，且A与T不可区分，这导致蛋白质不能识别特定的DNA碱基序列。 预期可与DNA碱基化学基团相互作用的蛋白质的氨基酸对于识别和结合最重要。
问题：您是否期望与RNA结合的蛋白质具有与结合DNA的蛋白质相似的结构？为什么或者为什么不？
答：不，我不认为结合RNA的蛋白质具有与结合DNA的蛋白质相似的结构。这是因为与DNA的单一双链结构不同，即使在分子，RNA也具有双链和单链结构。事实上，RNA结合蛋白通过识别它们的序列和结构而显示出对其靶RNA的高度特异性识别。到目前为止，包括RNA识别基序，双链RNA结合基序，锌指基序在的三类RNA结合结构域被广泛研究和记录。然而，所有这三类RNA结合结构域都与那些与DNA结合的结构不同。 RRM是75-85个氨基酸的小蛋白质结构域，其形成针对两个α-螺旋的四链β-折叠。 dsRBM是通过α-螺旋和β1-β2环结合dsRNA的70-75个氨基酸结构域。锌指基序不是与DNA结合的CCCH型结构域，而是通过分子间氢键和Watson-Crick RNA边缘之间的相互作用与单链RNA结合的CCHH型结构域。
问题：修复DNA损伤的一个重要部分是识别损伤的存在，特别是它是什么样的损伤。 细胞用于识别各种损伤的一些机制是什么？
答：对于每种类型的DNA损伤，细胞已经发展出修复损伤或消除破坏性化合物的特定方法。 酶光解酶通过破坏它们之间的共价键特异性识别和修复嘧啶二聚体。 O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶从DNA结构上的鸟嘌呤碱基裂解甲基和乙基加合物。 MMR酶能够将新合成的链识别为具有未甲基化的GATC序列的链。 大肠杆菌中的NER开始当蛋白质UvrA和UvrB在损伤部位与DNA结合时。 BER开始时，称为DNA糖基化酶的蛋白质结合受损的碱基，并通过切断与脱氧核糖连接的键将其去除。 在NHEJ中，蛋白质Ku和DNA-PK识别并结合到DNA的每个断裂末端。
问题：你认为细胞总是转录DNA损伤修复基因吗？ 你认为这些基因在某些条件下表达更强烈吗？ 为什么或者为什么不？
答：是的，我认为细胞总是转录DNA损伤修复基因，以确保DNA损伤可以及时修复。 否则，生活会陷入困境。 虽然小的突变率驱动进化，但高的突变率使得不可能忠实地将遗传信息从代代传递到代。 即使在一个有机体的生命周期，这种突变也是灾难性的。 此外，我还认为DNA损伤修复基因在生活不利条件下表达更强烈。 由于这些条件下的DNA损伤率高于正常条件下的DNA损伤率，因此需要更多的蛋白质来修复它，尤其是那些仅适用于一次修复的蛋白质。
问题：对于细胞来说，哪种DNA损伤最难检测和修复？
答：有两种DNA损伤对细胞来说是最难检测和修复的，例如易位和转位特别不可能逆转
问：错配修复和核苷酸切除修复有什么区别？
答：错配修复和核苷酸切除修复有三个区别。 首先，NER和MMR识别不同类型的错误并使用不同的蛋白质来修复它们。 其次，虽然MMR主要在复制期间发生，但NER在整个细胞周期中普遍存在。 最后，MMR存在于原核生物和真核生物中，而NER机制在真核生物和原核生物中不完全相同。
17. 你为什么认为在真核生物中对RNA进行了很多修饰？
含有含子必须被小心切除 snRNPs 加帽提高mRNA 的稳定性
18. 什么是“CTD”，它在转录过程中有什么作用？
Rbp1亚基的C末端区域中 RNA三磷酸酶 鸟苷酸转移酶 甲基转移酶 capping 19. 为什么你认为snRNPs含有RNA，而不是像大多数酶一样专门由蛋白质制成？
snRNPS的RNA能够与前体Mrna中的碱基配对 snRNPs正确定位到前体Mrna中,开始引导前剪切反应
20. 举例说明转录后修饰如何使一个基因能够制造多种蛋白质。
可变剪切 选择不同外显子产生不同的蛋白 果蝇的Dscam基因
21. 除了编码蛋白质之外，您还能从多少个实例中了解哪些RNA具有功能？
mRNA,又叫信使RNA,作用是携带转录后的遗传信息到核糖体上参与合成蛋白质；rRNA,又叫核糖体RNA,是最多的一类RNA,也是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA,它与蛋白质结合而形成核糖体,是组成核糖体的重要原料；tRNA,是具有携带并转运氨基酸功能的一类小分子核糖核酸,作用是携带氨基酸参与翻译合成蛋白质过程.如果是高中答题,这样就够了.人体中的RNA非常复杂,新的种类还在不断发现,尤其是小RNA,比如miRNA、piRNA等等.它们对转录翻译的调控被越来越多的意识到,并且有实验证明它们与癌症相关.
22. 核糖体选择翻译的起始点有哪些不同的方式？
① SD序列表明起始密码子AUG的位置
② 跳过第一个AUG 部核糖体进入序列 IRES决定
23. mRNA的哪部分不用于制造蛋白质？ 这些部件的功能是什么？ 回答原核生物和真核
生物的问题。 含子
原核生物在选择压力下朝更微小的方向进化，频繁的繁殖行为使他们具有更多的机会进化出没有含子的基因组
可变剪切
24. 如果你想让CAU编码谷氨酰胺，你会对细胞中的哪个基因做出什么改变？
第八章 DNA复制 1. 半保留复制 半不连续复制
2.DNA 聚合酶III a b
分子生物学小问题整理
