水稻中与拟南芥CYP704B1基因同源序列的查找及序列分析

水稻中与拟南芥CYP704B1基因同源序列的查找及序列分

析

作者：邢维锋;

作者机构：重庆市江津区第五中学校,重庆402260; 来源：生物技术世界 ISSN：1674-2060 年：2015 卷：000 期：006 页码：P.3-4 页数：2 中图分类：S43 正文语种：CHI

关键词：CYP704B1同源序列基因 生物信息学 系统进化树

摘要：本文运用了生物信息学方法对在水稻中与拟南芥CYP704B1同源序列的查找及对该条序列进行核酸一级结构和其表达产物的一级结构、二级结构以及三级结构进行初步分析.通过分析我们得出,该条序列长度为1903bp,有多种酶的限制性酶切位点,与其Sorghum bicolor hypothetical protein基因相似性很高,本条序列共编码506个氨基酸.预测的相对分子质量为58164.91ku,理论的PI为8.56.氨基酸总体来说疏水性不强,属于亲水性氨基酸.有22个磷酸化位点.该蛋白质有信号肽,有一个跨膜区,该氨基酸序列二级结构的分析结果显示,a 螺旋占52.96%;延伸链占11.26%,无规卷曲所占的比例为35.77%,并且分布不连续.该序列编码的蛋白质含有一个跨膜结构域并且重叠了一个低度复杂结构域.通过SwissModel 全自动模式对该蛋白三级结构预测与分析,该蛋白最佳匹配的模板是3mzs.1.A.最佳比对区域位于其该蛋白序列的第28-506位氨基酸残基,序列一致性达21.19%,GMQE值为0.55.通过对其系统发生树的建立,由两种方

法N-J法和M-P法构建的系统树,可以看出该同源序列与Aegilops tauschii节节麦和Zea mays玉米同源相似性较近.