心律失常-北京地区应用ACMG指南在长QT综合征变异分
析中的一致性评估
摘 要 目的
调查北京地区临床基因筛查机构依据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）\遗传变异分类标准与指南\对长QT综合征（LQTS）基因KCNH2和SCN5A变异解读一致性的现状。 方法
4个北京地区临床基因筛查机构分别对来自发表于JAMA上确诊LQTS患者以及偶然发现的16个KCNH2和SCN5A变异，依据ACMG指南进行变异致病性评估，并提供解读变异分类的证据级别，应用Krippendo rff α信度分析方法对机构间变异分析的一致性进行检验。 结果
4家机构均对所有的变异做出致病性判定，并提供判定依据。对确诊LQTS患者的8个变异评估，解读的一致性仅为1/8，α检验系数为-0.01；对偶然发现的8个变异评估，解读的一致性为4/8，α检验系数为0.407。对4个评估差异较大变异的证据分析显示,4家机构对文献搜索结果不一致以及对同一证据强度等级主观评估不一致。 结论
北京地区临床基因筛查机构依据ACMG指南对LQTS基因变异致病性评估的一致性较差，这将影响到LQTS患者的临床处理。临床基因筛查机构的基因变异致病性解读的规范化亟待提高。
基因筛查对长QT综合征（long QT syndrome, LQTS）患者的临床诊断、治疗和预后判定具有重要意义，是心血管病领域精准医学的典范[1]。第2代高通量测序已成为单基因遗传疾病的临床应用主流，偶然发现的罕见变异越来越普遍，鉴于LQTS突变的致病性，美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics a n d Genomics，ACMG）建议，即使在健康或无症状个体中偶然发现的上述基因变异，因其可能导致严重临床后果，也必须报告给主管医生，以便采取相应的预防和治疗措施[2]。
人群中存在着许多遗传变异，大部分变异，包括非常罕见的变异，都无致病性，因此对基因检测中发现的变异进行致病性评估具有挑战性，是临床实践中实现精准医学的重点和难点[3]。如Van Driest等[4]报道，对临床中偶然发现的KCNH2和SCN5A的罕见变异进行良恶性评估，包括梅奥诊所在内的3个权威美国基因检测机构的意见绝大多数不一致。鉴于变异致病性评估的复杂性，2015年美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）和分子病理学协会（AMP）共同编写\遗传变异分类标准与指南\，旨在更加规范地进行遗传变异致病性评估[5]。
国内临床级别的基因检测产品和服务发展迅速，临床基因筛查多委托第三方机构进行，变异的解读均依据ACMG制定的指南实施，然而现阶段国内不同的基因检测机构在变异评估流程、具体方法以及评估依据的数据库等方面并未有共识。本研究选取了北京地区3个商业临床基因检验机构和1个医院检验机构，对LQTS基因KCNH2和SCN5A变异进行解读，旨在了解国内基因检测机构对单基因疾病变异的解读现状，将为改进单基因遗传疾病的临床基因筛查策略与解读质量提供客观依据。
资料与方法
1．数据来源:
解读的KCNH2变异和SCN5A变异来自于Van Driest等[4]和Napolitano等[6]在JAMA上的报道。KCNH2变异包括D119H、I711Ⅴ、R744Q、G924W、G71R、R582L、D609H和P968L；其中前4个为偶然发现变异，后4个为确诊LQTS患者检出的变异。SCN5A变异包括E48K、R1193Q、S1904L、G1935S、G579R、M1498T、R1644C和D1790G；其中前4个为偶然发现变异，后4个为确诊LQTS患者检出的变异。确诊LQTS患者指临床Schwartz评分≥3.5分，包括心电图QTc延迟、T波形态异常，有晕厥史、尖端扭转性室性心动过速和猝死家族史等。偶然发现变异的患者具有基础心脏病和心律失常的表现如心房颤动、房室传导阻滞、束支传导阻滞或者QTc轻度延迟（460~480 ms）等，但临床不能诊断为LQTS。
2．解读过程和方法:
4个来自北京的提供临床单基因疾病检测的机构同意参加本项研究，均具有较为丰富的心血管单基因疾病临床检测经验。每个检测机构知晓变异患者的基本临床病情，包括是否确诊LQTS，临床QTc值及心律失常情况；患者家系信息缺如。每家机构均不知晓其他机构的变异解读结果，按各自的流程进行变异解读。变异致病性按照ACMG指南执行[5]，分为\致病\可能致病\意义不明确\可能良性\和\良性\个类别（等级）；每家机构需提供具体解读变异分类的证据级别，即致病性证据分为：非常强
（PVS1）、强（PS1~4）、中等（PM1~6）和支持证据（PP1~5）；良性影响的证据分为：独立证据（BA1）、强（BS1~4）和支持证据（BP1~6）。
3．统计学分析:
采用SPSS 19.0统计软件包进行数据处理，应用Krippendo rff α信度分析方法对机构间变异分析的一致性进行检验[7]，α>0.800表明结果一致性可靠，0.667≤α<0.800表明结果一致性低；α<0.667表明结果一致性差。4家机构对于某变异解读分类差别≥2个等级（如同一变异被不同机构分别判定为可能致病的和可能良性的），对于临床患者的处理可能产生较大分歧，则进一步分析导致变异解读差异的证据。将\致病\和\可能致病\归类为\恶性\；\意义不明确\可能良性\和\良性\归类为\非恶性\；组间计数资料比较采用卡方检验，双侧P<0.05为差异有统计学意义。 结果
1．SCN5A和KCNH2变异评估结果：
4家机构均对SCN5A和KCNH2所有的变异做出分类判定，并提供判定依据（表1，表2）。总共64次评估，6次（9.4%）评估为\致病\，
心律失常-北京地区应用ACMG指南在长QT综合征变异分析中的一致性评估
