转录组差异表达初步筛选膀胱尿路上皮癌分子标记

转录组差异表达初步筛选膀胱尿路上皮癌分子标记

肖四方;张冲;野丽莉;谈顺;张应爱;郑文雯;张淑芳

【期刊名称】《中国现代医学杂志》 【年(卷),期】2014(024)035

【摘要】目的 通过转录组测序初步筛选膀胱尿路上皮癌候选基因.方法 对复发的膀胱癌尿路上皮癌患者(T2bN0M0)的肿瘤组织和正常组织进行～50倍覆盖度的高通量转录组测序,筛选得到了和肿瘤密切相关的多种差异表达基因,并对差异表达基因进行基因注释(gene ontology,GO)和KEGG pathway(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的富集分析.结果 在肿瘤组织和正常组织中分别检测到14 520和14 199表达的基因,发现了1 879个重要的差异表达基因,GO和KEGG分析这些基因主要富集在22条生物通路.通路大多和免疫反应、细胞连接、细胞生长发育和迁移有关.筛选得到的和膀胱肿瘤密切相关的基因包括VEGFA、CDH1、PTPRF、CLDN7和MMP2.结论 提供了膀胱尿路上皮癌和癌旁非肿瘤膀胱组织的转录本信息,获得了膀胱尿路上皮癌发病密切相关的潜在候选基因,为膀胱癌的早期诊断和个性化治疗提供候选的分子标志物提供理论基础. 【总页数】6页(10-15)

【关键词】膀胱癌;转录组测序;差异表达基因;分子标记 【作者】肖四方;张冲;野丽莉;谈顺;张应爱;郑文雯;张淑芳

【作者单位】中南大学湘雅医学院附属海口医院中心实验室,海南海口570208;中南大学湘雅医学院附属海口医院泌尿外科,海南海口570208;吉林省肿瘤医院检验科,吉林长春130012;中南大学湘雅医学院附属海口医院病理科,海南海口