蛋白质结构预测和序列分析软件

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蛋白质数据库及蛋白质序列分析 第一节、蛋白质数据库介绍 一、蛋白质一级数据库 1、 SWISS-PROT 数据库 2、TrEMBL数据库： SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据SWISS-PROT的数据存在一个滞后问题，即库，目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建进行注释需要时间。一大批含有开放阅读立了镜像 (mirror) 站点。 了解决这一问题，TrEMBL(Translated E白质数据库，它包括了所有EMBL库中的SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序质序列数据源，但这势必导致其注释质量列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护。SWISS-PROT的序列数量呈直线增长。 3、PIR数据库： 4、 ExPASy数据库： PIR数据库的数据最初是由美国国家生物医学研究基金目前，瑞士生物信息学研究所（Swiss I会（National Biomedical Research Foundation, NBRF）质分析专家系统（Expert protein anal收集的蛋白质序列，主要翻译自GenBank的DNA序列。 据库。 1988年，美国的NBRF、日本的JIPID（the Japanese 网址：http://www.expasy.org International Protein Sequence Database日本国家蛋白质信息数据库）、德国的MIPS（Munich Information 我国的北京大学生物信息中心(www.cbi.Centre for Protein Sequences摹尼黑蛋白质序列信息中心）合作，共同收集和维护PIR数据库。PIR根据注释程度(质量)分为4个等级。 主要蛋白质序列数据库的网址 SWISS-PROT http://www.expasy.or或 http://www.expasy.org/expasy_urTrEMBL http://www.expasy.org/sprot PIR http://www-nbrf.georgetown. MIPS——Munich Information Centre f http://mips.gsf.JIPID——the Japanese International已经和PIR合并 ExPASy http://www.expasy.org 二、蛋白质结构数据库 1、PDB数据库： 5、 CATH 数据库： CATH(Class, Architecture, Topology 一个数据库。 实验获得的三维蛋白质结构均贮存在蛋白质数据库PDB(Protein Data Bank)中。PDB是国际上主要的蛋白质蛋白质结构数据库网址 结构数据库，虽然它没有蛋白质序列数据库那么庞大，但其增长速度很快。PDB贮存有由X射线和核磁共振(NMR)PDB 确定的结构数据。 http://www.rcsb.org/pdb (美国) 2、NRL-3D 数据库： http://www.ebi.ac.uk/pdb (欧洲) NRL-3D（Naval Research Laboratory-3D）数据库提供了贮存在PDB库中蛋白质的序列，它可以进行与已知结构的NRL-3D 蛋白质序列的比较。 http://pir.georgetown.edu/pirwww/d3、HSSP数据库： 对来自PDB中每个已知三维结构的蛋白质序列进行多序列列线(multiple sequence alignment)同源性比较的结果，被贮存在HSSP(homology-derived second structures of proteins)数据库中。被列为同源的蛋白质序列很有可能具有相同的三维结构，HSSP因此根据同源性给出了SWISS-PROT数据库中所有蛋白质序列最有可能的三维结构。 4、 SCOP数据库： HSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp http://www.cmbi.kun.nl/gv/hssp SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.ukCATH http://www.biochem.ucl.ac.uk/http://cathwww.biochem.ucl.ac.uk/l要想了解对已知结构蛋白质进行等级分类的情况可利用SCOP(Structural classification of proteins)数据库，在该库中可以比较某一蛋白质与已知结构蛋白的结构相似性。 三、蛋白质二级结构预测网站（数据库） 4、Prosite(蛋白质序列功能位点数据库始建于1990年代初，由瑞典生物信息学基于对蛋白质家族中同源序列多重序列能相关。 数据库包括两个数据库文件：数据文件Prosite的网址：http://cn.expasy.or