MEGA 6.60说明书
软件界面
菜单的使用：
Data菜单：
? Creat a new：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对
另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；
? Open：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from
file和saved aligment session； ? Close: 关闭当前的比对数据文件；
? Save session：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；
? Export alignment：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：
MGTA 和FASTA.
? DNA sequence：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入
的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
? Protein sequences：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基
位点来对待。
? Translate/untranslate：只有比对的序列是编码蛋白的 DNA序列的时候才可用。它可以
根据指定的遗传密码表将 DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
? Select genetic code table：使用它将编码蛋白的 DNA 翻译成特定的蛋白序列。 ? R everse complement：将选择的一整行的 DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。 ? Exit alignment explorer：退出序列比对的资源管理窗口
Edit 菜单：
使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作。
? Undo：撤销上一步操作；
? Copy：复制；Cut：剪切； Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或氨基酸
残基也可以是一段甚至是整个序列； ? Delete：从比对表格中删除一段序列； ? Delete gaps：去掉序列中的空缺；
? Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的； ? Insert sequence from file：从已保存的文件中插入新的序列；
? Select sites：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似；
? Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似； ? Select all：全选；
? Allow base editing：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则所以的序列
为只读格式，不能进行任何编辑操作。
Search 菜单：
用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。
? Find motif：输入你想要查看的一小段序列。找到后会以黄色标出； ? Find next：在序列的下游查找目的序列片段； ? Find preious：在序列的上有查找目的序列片段； ? Find marked sites：查找标记位点；
? Highlight motif：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单：
? 这个菜单提供一个链接 Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast搜索。当手上没有
准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。 ? Query gene banks：开启 NCBI 的主页； ? Do blast search: 开启NCBI BLAST 主页； ? Show browser：开启网页浏览器。
Sequencer 菜单：
? 此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file，用来打开一个打开文件对话框，此对话
框可以打开一个 sequencer data file，一旦打开，这个文件就在 tracedata file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer产生的trace data。它可以阅读和编辑ABI和Staden 格式文件并且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做 blast 搜索。
Display 菜单：
这个菜单相对简单，主要用来调整工具栏。 ? ? ? ?
Toolbars：工具栏菜单，它包含一些子菜单，选择后就会出现在比对的窗口中； Use colors：将不同的位点以不同的颜色显示；
Background color：选择后位点的显示与位点一样的背景颜色； Font：字体对话框，通过选择来调整窗口中的序列字符的大小。
Alignment 菜单
? Mark/unmark site:在比对的表格中标记或者不标记一个单一位点，一次每条序列只能被
标记一个位点，不同序列间的位点你可以选择同一列的，也可以是错开的，要根据自己的目的进行选择。选择标记后的序列可以使用alignmarked sites 进行比对分析。
? Align marked sites: 比对标记的序列，在这里如果在两个或多个序列间标记了不在一列
的位点重新比对后会出现空格 。
? Unmarked all sites：把所以标记的位点去标记；
? Delete gap-only site：去掉序同是空格的一列；这在多序列比对前很有用。 ? Auto-fill gaps：使用空格补齐不同长度的序列。
建树： 下载数据
初步聚类：
建树
MEGA6.06说明书 - 图文
