不同毒性结核分枝杆菌感染巨噬细胞后基因组DNA甲基化
水平的变化
吕翎娜;贾红彦;李自慧;刘忠泉;张宗德
【期刊名称】《中华结核和呼吸杂志》 【年(卷),期】2017(040)007
【摘要】目的 比较不同毒性MTB感染巨噬细胞后基因组DNA甲基化水平的变化.方法 以对数生长期的MTB实验室标准株H37Rv和H37Ra分别感染经佛波酯(50 ng/ml)诱导分化的人单核巨噬细胞系(THP-1)作为实验组:THP-1/Ra组和THP-1/Rv组,同时设置未感染MTB的对照组.分别提取3份细胞样本的基因组DNA,采用简化甲基化测序(reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)方法进行甲基化测序.用生物信息学分析方法比较各样本DNA整体甲基化水平,重点分析样本间差异性甲基化区域(differentially methylated region,DMR),对DMR位于启动子区的相关基因进行功能注释、基因本体论(GO)聚类及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,最终通过实时荧光定量PCR方法验证部分基因的表达.两样本间差异分析采用t检验.结果 THP-1/Rv组、THP-1/Ra组以及对照组中甲基化C碱基以CG类型为主,占全部甲基化C碱基类型(CG、CHG、CHH)的98％以上;3组样本中基因启动子区的所有C碱基平均甲基化水平分别为7.72％、7.38％和7.58％;CpG岛(CGI)所有C碱基平均甲基化水平分别为9.90％、9.57％和9.80％.与THP-1/Ra组相比,THP-1/Rv组基因组DNA上定位到58个差异DMR,其区域平均长度为152 bp.对DMR位于启动子区的相关基因进行GO聚类及KEGG通路分析,发现6个高度富集于13条通路的基因,其中DNA损伤诱导转录子4(DDIT4)和转
不同毒性结核分枝杆菌感染巨噬细胞后基因组DNA甲基化水平的变化
