生物信息学分析

4、生物信息学分析

通过核苷酸序列数据库和基因序列同源性在线分析途径初步对Rv2029c基因进行分类整理。由于结核分枝杆菌耐利福平野生株与核苷酸序列数据库KEGG GENES中的结核分枝杆菌标准株H37Rv的匹配率为100%，以下对基因的分析按照结核分枝杆菌标准株H37Rv的数据库信息进行，即完全匹配的1020bp长度序列（本次提取基因中包含上下游引物等序列，较长，1346bp）。 4.1基本信息

表1 基因基本信息

条目 基因名称 定义 组织来源 功能 功能类别

Rv2029c PfkB 6-磷酸果糖激酶 PfkB 结核分枝杆菌耐利福平野生株 参与醣酵解：将糖-1-P转化为糖-1,6-P 参与中间代谢与呼吸作用 4.2基因组信息

表2 基因组信息

基因组 结核分枝杆菌 H37Rv（标准株） 基因长 1020bp 氨基酸 339 分子量 35401.4 Da 等电点5.6648 蛋白结构域 (图3) 1、FruK（果糖-1-磷酸激酶(FruK)和关联的果糖-6磷酸激酶（PfkB）），位点13-314 2、1-PFK（己糖激酶，1-磷酸果糖激酶家族），位点14-312 3、PRK10294（6-磷酸果糖激酶2），位点12-313 4、PfkB（PfkB家族碳水化合物激酶）,位点18-308 5、PLN02341（PfkB型碳水化合物激酶家族蛋白），位点208-294 6、PTZ0029（核糖激酶），位点205-301 药物靶点 1、 同源基因没有药物靶点 2、 非同源但序列相似基因没有药物靶点

图3 蛋白结构域

4.3蛋白表达

4.3.1 二级结构分析

预测结果显示，PfkB蛋白的二级结构中β转角占46.61%，α螺旋占33.63%，β折叠占19.76%。转角结构和螺旋结构构成了结核分枝杆菌PfkB蛋白二级结构的骨架。

图4 蛋白二级结构

4.3.2 跨膜区分析

Tuberculist跨膜蛋白预测结果表明：蛋白长度339aa，预测跨膜蛋白数0。

图5 蛋白跨膜区分析

4.3.3 信号肽预测

Predict Protein分析表明PfkB蛋白氨基酸残基没有信号肽，由此推断此蛋白不包含信号肽，不是分泌型蛋白质。