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高斯常见错误及注意地方

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优化

1在优化时采用Scf(tight)的选项,增加收敛的标准。再去计算频率。如果 还有虚频,参见下一步。

2.对称性的影响,很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样,

在优化时,如果必要,要将对称性降低,还有,输入文件有时是用内坐标。

建议如果有虚频的话,将内坐标改成直角坐标优化。

3.如果上述方法还有虚频,看一下虚频,找到强度较大的,将在频率中 产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样,重新计算。直到 虚频没有。

4实际上,如果分子柔性较大,很难找到最低点,这是电子结构计算的问题,

这种情况下,需要动力学的东西,用构象搜寻的办法解决。 如:模拟退火,最陡下降法,淬火法等。将得到的能量最低的构象做 一般的电子结构计算,这样,应当没有问题。

不要讲你还没有得到最稳定的结构,那么,是你的分子有问题, 要么计算错了,要么就是游离出现代计算的范畴

1。低频率振动模式时,力常数很小,必须使用opt=tight以确保适当的收敛和随后任务步骤中频率计算的可靠度。

比如我曾经算过一个体系,第一个频率振动的力常数只有10~20,很不放心,加入tight后,优出来的结构却与前面大相径庭,而且还出现了一个虚频。

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2。做IRC计算的时候,如果步长很小,必须要用verytight。就曾有人步长设为1,而不加verytight,算出来的反应路径是v字形倒海鸥状的。

3。使用int指定用于数值积分的积分网格来用于消虚频的时候,必须注意,在比较能量的时候,对所有的计算要使用相同的积分网格。

检查错误

1.检查是否有初始文件错误

在命令行中加入%kJob L301 or %kJob L302 如果通过则一般初始文件ok。 常见初级错误: a.自旋多重度错误 b.变量赋值为整数 c.变量没有赋值或多重赋值

d.键角小于等于0度,大于等于180度 e.分子描述后面没有空行

f.二面角判断错误,造成两个原子距离过近

g.分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线 2.SCF(自洽场)不收敛 则一般是L502错误

省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles) a.修改坐标,使之合理

b.改变初始猜Guess=Huckel或其他的,看Guess关键词。

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c.增加叠代次数SCFCYC=N(对小分子作计算时最好不要增加,很可能结构不合理)

d. iop(5/13=1)这样忽略不收敛,继续往下做。3.分子对称性改变 a.修改坐标,强制高对称性或放松对称性

b.给出精确的、对称性确定的角度和二面角。如CH4的角度给到109.47122 c.放松对称性判据Symm=loose

d.不做对称性检查iop(2/16=1)(最好加这个选项) iop(2/16=2)则保持新的对称性来计算 4.Opt时收敛的问题 a.修改坐标,使之合理 b.增加叠代次数optcyc=N

5.优化过渡态,若势能面太平缓,则不好找到。

iop(1/8=10)默认30(下一个结构和该结构的差别0.3?),可改成10。如果每一步都要用到小的步长,应该加opt(notrustupdate)

6.在CI(组态)方法中

如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中,省却最大循环50,若出错(L913错误) 解决方法:#P QCISD(maxcyc=N)注:N≤512 7.优化过渡态 opt=TS (给出过渡态) opt=qst2 (给出反应物和产物) opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)

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a.用G03时的出错opt=ts必须加FC (force constant) 写法:opt=(TS, calcFc)

oropt=(TS,calchffc)计算HF力常数,对QCISD,CCSD等方法用; oropt=(TS,modRedundant)(最好写这个) b.如果计算采用QCISD计算(不好计算FC) 则写为QCISD opt=(TS, calcHFFC) (用HF计算FC) 8.无法写大的Scratch文件RWF

a.劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,??..,locN,-1 b.改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间

c.限制最大硬盘maxdisk=N GB,****MB,有些系统写2GB会出错,可以写2000MB

9. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。可用POPT或直接用OPT

10.优化过渡态只能做一个STEP原因是负本征数目不对添加iop(1/11)=1或者noeigentest过度态优化

1.首先遇到的问题是,用哪种方法来寻找过渡态?

GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物,过渡态的猜测结构,产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用,一般不会出现不收敛的情况。对于TSN(对应关键词为OPT=TS)方法,只要求输入过渡态的初始结构,但这个初始结构非常的关键,如果结构不好,则很容易出现不收敛的情况。所以我建议,如果是刚开始做过度态的话,用QSTN方法是好的选择,等有了“感觉”之后,再用TSN方法。

2.怎么解决经常出现的错误?

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在找过度态的时候,经常碰到的一些问题就是不收敛(1).,有一个错误的本征值(错误信息为:there isa wrong sign eigenvalue in hessian matrix.....)(2),和LINK9999错误导致退出。(3)

对于不收敛的情况,可以分为两类,比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER提醒收敛到了10(-5),而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步,那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。

倘若只收敛到10(-3)或10(-2),此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。此时可采用SCF=QC,来达到强制收敛的目的。因为SCF=QC(LINK508)的计算量比默认的L502要大,所以不到万不得以就不用它了。

出现第二个错误可以直接用关键词OPT=NOEIGEN来实现。

LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数,但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT(MAXCYCLE=100)和SCF(MAXCYCLE=300)来改错。

3.怎么样控制过渡态的优化,使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去?

我用GAUSSVIEW可以解决这个问题,当刚开始运行GAUSSIAN时,你用GVIEW去打开输出文件时,你可以看到你的过渡态的初始输入结构,当一个循环过后(从上一个LINK502到下一个LINK502),你再打开输出文件,你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型,这样就可以随时监控过度态分子的结构,倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时,你就可以把它给KILL了,而不至于需要等全部工作结束后,打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。如果收敛到其它的构型上去,可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3)即可。

4.还需要加其它的关键词吗?

建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会!

先写这么多了,难免有错误和不恰当之处,还希望大家来指点和补充!

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高斯常见错误及注意地方

优化1在优化时采用Scf(tight)的选项,增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频,参见下一步。2.对称性的影响,很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样,在优化时,如果必要,要将对称性降低,还有,输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话,将内坐标改成直角坐标优化。3.如果上述
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