STR/SSR/微卫星分析
服务编号 STR01 STR02 STR03 STR04 STR05 STR06 STR07 STR08 STR09 方法 SSR引物开发 SSR引物筛选 PCR条件优化 PCR扩增 测序仪检测 原始数据分析 AFLP检测 内容说明 开发未知基因组序列物种的引物 筛选适合荧光检测的引物 单重和多重PCR 荧光或非荧光 用测序仪对单色或多色荧光标记DNA 片段进行分离和检测 将原始数据分析为基因型 检测和数据分析 价格 询价 询价 询价 询价 询价 询价 询价 询价 询价 周期 2-4周 2-4周 1周 1-2周 1-4周 2-7工作日 1工作日-2周 1-2周 2-5工作日 引物设计与合成 荧光标记引物 群体遗传学分析 关联分析、连锁图构建等
背景介绍
微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验，利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。
服务项目
１．SSR引物开发
通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。 ２. 引物筛选
选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息（图1）。
图1. 用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果
３．样本批量扩增
用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台，可以满足大量样本扩增需求。 ４．测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件，见图2）。
图2. 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
５．原始数据分析
编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到
的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。
图3. GeneMapper软件分析后的电泳图谱
６．群体遗传学分析
利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。
送样要求
细胞（≥106 ）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（≥20μl，浓度≥ 50ng/μl）；引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。
提供结果
引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。
成功案例
到目前为止，我公司与上百家科研机构建立合作，进行过多个物种的引物
开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。
相关技术服务
服务编号 EXT01 服务项目 DNA提取 内容说明 从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA，可应用液体 工作站进行批量处理 相关产品
名称 微卫星文库构建试剂盒 多重PCR复合扩增体系 血液直接扩增体系 植物叶片直接扩增体系 Blood PCR Mix A Blood PCR Mix B 热启动Taq酶 2G Fast Taq酶 2G Fast Taq酶（热启动） 2G Robust Taq酶 2G Robust Taq酶（热启动） 高保真Taq酶（热启动） 基因组DNA提取试剂盒 DNA快速提取试剂 ROX 500分子量内标 LIZ 500分子品牌 Microread Microread 规格 5次 100/500次 说明 磁珠法，速度快，成功率高 专用于多重PCR的复合扩增体系， 可实现10重以上扩增 具有极强的抵抗抑制剂能力，直接 从血液中扩增基因片段而且特异性 优秀 直接从叶片中扩增DNA，省时省力 直接从血液中扩增基因片段 Microread 100/500次 KAPA BIO KAPA BIO KAPA BIO Microread KAPA BIO KAPA BIO KAPA BIO KAPA BIO 100/500次 500/1000 rnx 500/1000 rnx 250/500/1000U， 2.5U/μl 100/250/500U 100/250/500U 100/250/500U 100/250/500U 化学修饰，热启动，特异性极好， 性价比很高 经过基因工程改造，快速PCR，30 分钟完成扩增；抗抑制剂能力超强 经过基因工程改造，极强的抗复杂 模板能力，适合高GC含量 高保真Taq酶 KAPA BIO KAPA BIO Microread KAPA BIO Microread Microread 100/250/500U 100/250/500U 50/100次 高度保真性，抵抗抑制剂 离心柱型，纯度更高 50/100/250/500次 20分钟完成提取，操作简便 500/1000次 500/1000次 70-500bp 35-500bp 量内标 POP4胶 POP7胶 310毛细管 Microread Microread Microread 7ml 28ml 47cm，5根 3130/3100系列测序仪用 3730系列测序仪用 基因分型用
STR SSR 微卫星分析
