基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选
赵彦花; 区又君; 温久福; 李加儿; 周慧
【期刊名称】《《南方农业学报》》 【年(卷),期】2024(050)009
【摘要】【目的】筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等。【结果】黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes。采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%)。通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中。SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少。二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条)。从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多。【结论】通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续
研究提供基础资料。
【总页数】10页(P.2078-2087)
【关键词】黄唇鱼; SSR分子标记; 转录组测序; 功能注释; 多态性 【作者】赵彦花; 区又君; 温久福; 李加儿; 周慧
【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室 广州510300; 上海海洋大学水产与生命学院/水产科学国家级实验教学示范中心 上海201306 【正文语种】中文 【中图分类】S965.299 【相关文献】
1.基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选 [J], 赵彦花; 区又君; 温久福; 李加儿; 周慧
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基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选
