巴西橡胶树CCaMK基因家族成员的鉴定和表达分析
肖小虎;隋金蕾;戚继艳;秦云霞;黄亚成;唐朝荣
【期刊名称】《热带农业科学》 【年(卷),期】2016(036)012
【摘要】钙/钙调素依赖型蛋白激酶(CCaMK, calcium- and calmodulin-dependent protein kinase)是一种钙离子结合蛋白,在钙信号传导过程中起重要作用。本研究以已发表的CCaMK序列作为检索序列,对橡胶树和其他5种植物(木薯、水稻、杨树、蓖麻和拟南芥)的基因组和转录组数据进行全面搜索,鉴定得到6个CCaMK基因,其中包括一个橡胶树CCaMK基因,命名为HbCCaMK1。序列分析发现：5种植物的CCaMK氨基酸序列同源性较高,为73%～94%。基因结构分析发现, HbCCaMK1和所分析的其他植物CCaMK一样均,含有6个内含子、1个蛋白激酶结构域和3个EF-hand结构域；从结构和进化上看, HbCCaMK1和蓖麻、木薯2种植物的CCaMK具有较近的亲缘关系；在表达方面, HbCCaMK1在橡胶树根中表达丰度最高,其次为树叶和花；另外, HbCCaMK1的表达还与叶片发育、真菌侵染和低温胁迫有关。êlcium-and calmodulin-dependent protein kinase is a kind of Ca2+-binding protein, and it plays an important role in calcium signal transduction. By searching with several published CCaMK sequences as query, six CCaMK genes were found from the transcriptome and genome databases of Hevea brasiliensis and other five plants (cassava, rice, Populus tremula, Ricinus communis, Arabidopsis thaliana), including one member from H. brasiliensis, which was named HbCCaMK1. The results showed that five
CCaMKs except that from H. brasiliensis shared a high amino acid sequence homology, ranging from 73%to 94%. Both HbCCaMK1 and the other five CCaMKs had six introns, one protein kinase domain and three EF-hand domains. HbCCaMK1 shared a closer phylogenetical relationship with MeCCaMK1 and RcCCaMK1. The expression analysis indicated that HbCCaMK1 was highly expressed in root, and then in the leaf and flower. In addition, the expression of HbCCaMK1 was also related with leaf development, fungal infection and low temperature stress.
【总页数】5页(16-20)
【关键词】巴西橡胶树;CCaMK;基因家族;结构与进化;表达分析 【作者】肖小虎;隋金蕾;戚继艳;秦云霞;黄亚成;唐朝荣
【作者单位】中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737;中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737; 海南大学农学院 海南海口 570228;中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737;中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737;中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737; 海南大学农学院 海南海口 570228;中国热带农业科学院橡胶研究所 海南儋州 571737 【正文语种】中文 【中图分类】S794.1 【文献来源】
https://www.zhangqiaokeyan.com/academic-journal-cn_chinese-journal-tropical-agriculture_thesis/0201259349353.html
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巴西橡胶树CCaMK基因家族成员的鉴定和表达分析
