从佘祥林案的卷宗中可以看到，1994年4月11日至4月22日，11天的审讯之中，佘祥林供出了四种作案方式。这在后来的审判中曾被当作疑点提出。
第一种作案方式简述为：1993年腊月初九(1994年1月20日)晚上，佘祥林将张在玉带出门，顺手在大门边拿出一根板车撬棒，将张带至雁门口镇红旗碎石厂山坡，将张打死埋入水沟。
第二种作案方式简述为：腊月初九，佘祥林看到魏太平(佘的好友，当时在雁门口镇交通管理站上班)在雁门口镇兽医站门口对面打桌球，佘便将张在玉交给魏太平让其带走，魏将张带至长岗村二组抽水机房，腊月十二，佘祥林和魏太平用石头将张打死，沉入水中。
第三种方式为：1993年腊月初九，佘祥林在雁门口镇兽医站碰到魏太平，让魏太平晚上11点到家里说点事情，当晚，佘和魏将张在玉带到长岗村二组抽水机房外，给张换好衣服，再带至吕冲九组窑凹坝山用石头将张打死，然后用装有四块石头的蛇皮袋将张沉入水中。
警方认为第一种是假口供，因为张的尸体不在水沟，是佘祥林试探性地看警方能否找到尸体。第二、三种作案方式随后也被否定。证据是，长岗村二组胡明德(男，65岁)讲述，这几天晚上他都在抽水机房睡觉，没有间隔一天，且机房白天上锁，另外，张在玉也不可能和魏单独出走。此后，当地医院也出具证明，张在玉失踪那几天，魏太平正在医院打针吃药，不具备作案时间。
这样，佘祥林供述的第四种情况，被警方认定“符合案件客观事实”：1994年1月20日晚10时许，佘将精神失常的妻子从床上拉起来，带到一处瓜棚里关起来。
第二天凌晨两点半，佘将六岁的女儿抱到父母房内，谎称妻子出走了，然后以外出寻找妻子为由，拿着手电筒、麻绳和张在玉的毛裤，推着自行车出门，来到瓜棚内，给妻子换了一身衣服。然后他把妻子带到吕冲村九组那处池塘边，趁张不备，用石头猛击张的头、面部至张不能动弹，将张拖到堰塘的东北角，用麻绳将装有四块石头的蛇皮袋绑附其身沉入水中。次日下午将从张身上换下的衣服全部放在自家灶里烧毁。
此供述的时间为1994年4月20日。
佘祥林的说法是，这些供述是在警方的诱供和刑讯逼供下被迫做出的。
“我敢说那10天11夜的痛苦滋味并不是每个人都能理解的，鼻子多次被打破后，他们竟将我的头残忍地按到浴缸里，我几次因气力不足喝浴缸里的水呛得差点昏死……长期蹲马步，还用穿着皮鞋的脚猛踢我的脚骨。”这是佘祥林申诉材料中的一段文字。对这11天的审讯，他多次在申诉材料中提及。
“你把尸体埋在土里，我们可以挖地三尺，你把尸体沉在水里，我们可以把水抽干，你懂吗？把水抽干。”佘祥林在1998年的申诉材料中写到，“从那位指导员语气十分突出地‘把水抽干’及‘那个水库是雁门口水库吗？’的问话中，我已经猜到了在关桥水库杀人后将尸体沉在水库的经过。”
“就这样，他们不停的对我进行毒打、体罚、提示，为避免酷刑的折磨，我再次编造了当晚寻找妻子回家途中在关桥水库碰到我妻子作的案。”
在湖北省高院发回重审时，这一疑点被专家指出：“被告人佘祥林的有罪供述多达四、五种，内容各不相同，在没有充分证据和理由的前提下，仅择其一种认定不妥。”
但在案件卷宗中，京山县公安局给出的解释是，佘祥林在派出所当过治安员，从审查他的整个过程来看，他具有反侦查和反审讯能力，不可能一次性彻底交待清楚，佘是试探性的供述，挤牙膏式的交待，故有多种供述。
路线图
佘祥林回忆说，当时，刑警队指导员见他实在说不出死者的方位，就将他拉到写字台旁，边讲解如何走边给他画了一张“行走路线图”。
案卷显示，1994年4月21日晚，佘祥林曾被警方带去指认作案现场。这被认为是佘祥林案件的关键环节之一。
“佘祥林能够在夜间带着专案组的民警拐来拐去爬过两座山绕到案发的池塘边，准确地指认出现场，让专案民警相信案件确实是佘祥林所为。”4月5日，湖北省荆门市中级人民法院宣传处处长李燕林如此转述原案件负责人韩友华的看法。
案卷中京山县公安局的一份材料描述了当日辨认现场的经过：“在公安局副局长韩友华的组织下，由检察院批捕科科长彭涛、公安局预审科科长邓年高、预审员马文祥等12人组成的专班，由佘祥林引着沿其作案的路线行走。晚上八点从何场村九组出发，佘祥林把我们引到一件放过蛇皮袋关过张在玉的瓜棚，门朝东，门上无锁，内有木床，和佘祥林交待的一样。
经过雁门口镇街上，沿着汉宜公路向东走500米，沿一土路往吕冲九组走到一叉路口，继续走了1里，佘发现错了，返回岔路口，又往东走看到一座山，走完这座山又顺路走上另一山，然后到一池塘，佘说在离堰(池塘边)30米处将张打死的，然后沉尸。”
京山县公安局材料证明，此段路程共11公里，且经过两个山顶，当日下着小雨，佘祥林能找到现场，并附有一份行走路线图，因此认定佘祥林作案真实可信。
但对此段经过，佘祥林回忆说，在1994年4月15日刑警大队民警对他审讯时，刑警队指导员见他实在说不出死者的方位，就将他拉到写字台旁，边讲解如何走边给他画了一张“行走路线图”，佘说当时另有两名侦查员在场。
佘祥林说，之后，该指导员还叫他仿画了一张给刑警大队长卢定成看。
“尽管他们曾给我画了行走路线图，我还是无法带他们去，因我从来没去过那地方，被带到关桥下车，他们就将双腿被毒打的高度浮肿根本无法行走且处于昏睡状态的我架下车。”佘祥林在1998年的申诉材料中记录了指认现场的经过。在两次走错了方向之后，一名刑警给了佘祥林一个手电筒，“并再三叮嘱我往回走注意左边的路口……实在找不到路口时，天下起了雨，刑警队的曾忠和雁门口镇派出所一民警直接架着我朝山上走，在我的前面50米左右还有两个人带路，一个是何泽亮，一个记不清名字了。”
按照佘祥林的叙述，两名民警架着佘祥林翻过了两座小山，来到一池塘边。
在此后对佘祥林的审讯笔录中也曾提到过相似情节，但并未引起司法机关的注意。在1995年10月京山县公安局对佘祥林的一次突审中，佘的笔录显示，对杀人现场和沉尸点的指认，他是“随便指了一个地方，但现场并没有石头”，之后有人抬着他的胳膊指着池塘一个方向照的相。
省高院的疑问
除供述内容反复、证据锁链无法形成及无法排除张在玉自行出走的可能外，省高院特别提出了两个疑点，即凶器的去向和蛇皮袋提取笔录的证明力的问题。
在良心证明出现的同时，湖北省高院于1995年1月6日对佘祥林案以“事实不清，证据不足”发回荆州地区中级人民法院重审。
在这份“(1995)鄂刑一函字第2号”的裁定书上，湖北省高级人民法院列举了五方面的主要问题。事后看来，这些问题均切中要害。
除供述内容反复、证据锁链无法形成及无法排除张在玉自行出走的可能外，省高院特别提出了两个疑点，即凶器的去向和蛇皮袋提取笔录的证明力的问题。
省高院指出，在荆州地区中院的定案量刑中最重要依据是，根据被告人佘祥林的交待在沉尸处提取蛇皮袋一个，内装四块石头。但从卷内材料看，被告人佘祥林供述这一情节是在警方提取蛇皮袋等物证之后。
湖北省高院指出，1994年4月16日佘仅供述在三轮车上捡一蛇皮袋，并未供述用蛇皮袋和石头沉尸；4月20日佘祥林才交待是自己用蛇皮袋装四块石头沉尸。
但提取笔录却记载：根据佘的交待，4月16日抽堰塘水，4月17日提取蛇皮袋。
湖北省高院载明，曾就此疑问在二审时调查京山县公安局承办该案的毕超，毕回忆，当时的情况是一边在审讯佘，一边在组织人员抽干堰塘，抽堰塘是因为发现尸体腹部有索痕且无青苔，故推断水中可能有沉尸物。
因此，实际情况与提取笔录所记载的不符。
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