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19、登陆进入服务器，出现如下画面
20、输入 ls 命令，查看本用户的所有文件，蓝色表示为文件夹，白色表示文件；用 cd 命令 转换到文件夹 gaussian 下，再用 ls 命令查看，能看到我们刚才创建的文件 ethylene.gjf。
21、用 more 命令查看文件 ethylene.gjf 的内容。
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22、复制脚本文件 gauss03.pbs 至文件夹 gaussian 下（要使要计算的文件和 pbs 文件在同一 文件夹下）。具体做法如下图所示：首先用 cd 命令转至 public/others/PBS 这个文件夹下，用 ls 命令查看文件，可以看到有 gauss03.pbs 这个文件，这就是运行高斯的脚本模版；然后用 pwd 命令找出文件夹 gaussian 所在的位置，最后用 cp 命令复制 gauss03.pbs 这个文件至文件 夹 gaussian 下。接下来验证文件是否复制至目标位置，分别用 cd、ls 命令，可以看到如下 图白色背景所示的文件 gauss03.pbs，至此，我们已经把脚本和计算输入文件放在同一个目 录下。
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23、用 vi 命令查看并编辑 gauss03.pbs 这个脚本：
其中以连续三个#开头的表示说明部分,并不计入行数。第一行“#PBS –N gauss”命名作业名 称；第二行表示向服务器申请的系统资源，node=4 表示要 4 个节点，ppn=16 表示每个节点 要 16 个 cpu；第三行表示表示合并标准输出和标准错误输出至同一个文件；
第四行表示估计最大运算时间，若计算超过这个时间，作业会自动停止。第五行为空行； 第六行设置输入文件名，这里的名字为 test003.com 。
第七行为空行
第八行告诉服务器我们要做什么，这里表示要运行程序 g03。 接下来有三段，我们可以不用管。
第一段定义变量，主要计算当前服务器空闲的 cpu 数目和本计算所需的 cpu 数目。
再下来一段为 if...elif; then 选择语句，意思是当所需的 cpu 个数小于系统可调用的 cpu 数时， 调用计算所需的 cpu 个数。否则......
再下来一段表示运行 g03，定认输出文件，可以不用管。 接下来空行
下一行表示用 formchk 命令转换 chk 文件为 fchk 文件。因为 chk 文件为二进制文件，在我们 的 PC 机上打不开，得转换成可以打开的 fchk 文件 再空行。
最后一行表示输出结束时间。
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24、根据我们计算需要，修改脚本中的内容：用命令 vi 打开 gauss03.pbs，按键盘“i”转入 编辑模式。把第二行设置节点为 1，cpu 为 1；第六行设置计算输入文件为 ethylene.gjf， ；后面加上一行“formchk *.chk”，表示将产生的 chk 文件转化为 fchk 文件（因为 chk 文件 为二进制文件，不能在 pc 机上的读出，需转换成能读的 fchk 文件）；按 Esc 键退出编辑模 式，然后输入“：wq！”保存修改过的 gauss03.pbs 文件，退回。
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25、用 dos2unix 命令转换输入文件为二进制文件，如下图：
26、最后提交作业，输入 qsub gauss03.pbs，回车，出现 2147.node64，表示计算 ID 号为 2147， 在第 64 个节点运行。用 qstat 命令查看运行情况，有 Job id, name, User 等，用 qstat –a 能看
到更详细的信息。
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兰大量子力学计算操作步骤
