酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析

酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析

崔伟;黄林;梁丽静

【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 【年(卷),期】2008(036)010

【摘要】[目的]揭示真核生物基因上游转录因子结合位点的分布规律.[方法]挖掘了啤酒酵母基因组数据库(SGD)中基础域结构和β支架结构两超类(superclass)的转录因子结合在基因上游0～2 000 bp的位置;将转录因子按照结构和调节基因的不同功能进行聚类,并对其组内和组间的结合位点数进行比较分析.[结果]转录因子结合位点集中分布在转录起始位点上游100～500 bp(61%);结构差异较大的转录因子的结合位点分布差异显著(P<0.01);大多转录因子(19/22)在不同功能基因间结合位点分布差异不显著(P>0.05).[结论]转录因子结合位点分布与转录因子的结构相关性较大,而与所调控基因的功能相关性较小.推测不同家族转录因子结合位点在基因上游的分布具有特异性.有助于提供新的参数用以改进现有理论预测转录因子结合位点的方法. 【总页数】6页(215-220)

【关键词】啤酒酵母基因;转录因子;转录起始位点;SGD 【作者】崔伟;黄林;梁丽静

【作者单位】西北农林科技大学,信息工程学院,陕西,杨凌,712100;西北农林科技大学,信息工程学院,陕西,杨凌,712100;西北农林科技大学,生物信息研究中心,陕西,杨凌,712100;西北农林科技大学,生命科学学院,陕西,杨凌,712100 【正文语种】中文 【中图分类】Q71